| 查看: 3241 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Pair style hybrid设置的问题 已有2人参与
|
||
|
我刚接触分子动力学模拟不久，用lammps做碳纳米管充氦得仿真，C-C采用airebo力场，C-He 和He-He采用LJ 6 12势，在进行初步的能量最小化弛豫输出的VDW图片的时候发现He原子之间有化学键的存在，我在怀疑是不是我使用的Pair style hybrid设置的问题，把所有的原子都设置成了碳原子，导致出现了化学键代码如下： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 我在这里还很困惑的是，关于airebo势里**的定义，按照我这样的定义，是不是所有的都被设置成为了airebo势？我尝试调换顺序的时候，像这样： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C 结果报错：pair hybrid sub-style is not used 我尝试将* *替换成1 1的时候还是报错。那么我这样的力场写法有问题么？是不是由于力场设置问题导致He原子之间有化学键，还是只是VDW显示的问题？ 附 1.VDW显示照片已上传 2.代码： variable simname index cswnt_he log log.${simname}.txt units metal boundary s s s lattice fcc 1.0 timestep 0.0002 atom_modify map array atom_style full read_data ${simname}.data #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 group cnt type 1 group he type 2 compute stressatom all stress/atom NULL virial compute displaceatom all displace/atom compute prpertyfz all property/atom fz variable fz equal fcm(all,z) variable fzcnt equal fcm(cnt,z) variable fzhe equal fcm(he,z) #compute peatom all pe/atom #compute peatom all reduce sum c_peatom #compute peatomcnt cnt reduce sum c_peatom #compute peatomhe he reduce sum c_peatom thermo 1000 thermo_style custom step temp pe ke etotal evdwl ecoul emol dump 1 all custom 1000 ${simname}.lammpstrj id type x y z min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 fix fixnvt cnt nvt temp 0.001 0.001 10 run 50000 unfix fixnvt fix fixnve cnt nve run 50000 unfix fixnve write_restart restart.endinitial  1.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
基金中了
已经有12人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有9人回复
-
关于filecode
已经有6人回复
-
固定端突然变了，今天
已经有10人回复
-
听说今天filecode变了
已经有47人回复
-
filecode与中标关系的预测
已经有3人回复
-
filecode变化情况
已经有22人回复
-
十年后又回来了，论文投稿求助
已经有4人回复
-
大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑
已经有7人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 跪求各位大神，帮忙看看小弟的多体势命令编写是否合适，求指点！！
已经有0人回复
- Bad Fene bond
已经有2人回复
- 【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题
已经有11人回复
6楼2018-06-08 10:44:20
2楼2017-07-18 08:53:10
3楼2017-07-18 10:22:52
匿名 
用户注销 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2788.2
- 散金: 28
- 红花: 11
- 帖子: 1474
- 在线: 231.4小时
- 虫号: 0
- 注册: 2012-08-11
- 性别: GG
- 专业: 流体力学
4楼2017-07-21 13:59:03
100