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Pair style hybrid设置的问题 已有2人参与
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我刚接触分子动力学模拟不久，用lammps做碳纳米管充氦得仿真，C-C采用airebo力场，C-He 和He-He采用LJ 6 12势，在进行初步的能量最小化弛豫输出的VDW图片的时候发现He原子之间有化学键的存在，我在怀疑是不是我使用的Pair style hybrid设置的问题，把所有的原子都设置成了碳原子，导致出现了化学键代码如下： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 我在这里还很困惑的是，关于airebo势里**的定义，按照我这样的定义，是不是所有的都被设置成为了airebo势？我尝试调换顺序的时候，像这样： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C 结果报错：pair hybrid sub-style is not used 我尝试将* *替换成1 1的时候还是报错。那么我这样的力场写法有问题么？是不是由于力场设置问题导致He原子之间有化学键，还是只是VDW显示的问题？ 附 1.VDW显示照片已上传 2.代码： variable simname index cswnt_he log log.${simname}.txt units metal boundary s s s lattice fcc 1.0 timestep 0.0002 atom_modify map array atom_style full read_data ${simname}.data #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 group cnt type 1 group he type 2 compute stressatom all stress/atom NULL virial compute displaceatom all displace/atom compute prpertyfz all property/atom fz variable fz equal fcm(all,z) variable fzcnt equal fcm(cnt,z) variable fzhe equal fcm(he,z) #compute peatom all pe/atom #compute peatom all reduce sum c_peatom #compute peatomcnt cnt reduce sum c_peatom #compute peatomhe he reduce sum c_peatom thermo 1000 thermo_style custom step temp pe ke etotal evdwl ecoul emol dump 1 all custom 1000 ${simname}.lammpstrj id type x y z min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 fix fixnvt cnt nvt temp 0.001 0.001 10 run 50000 unfix fixnvt fix fixnve cnt nve run 50000 unfix fixnve write_restart restart.endinitial  1.jpg |
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5楼2018-05-16 10:43:22
2楼2017-07-18 08:53:10
3楼2017-07-18 10:22:52
匿名 
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