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yeahhanpei金虫 (正式写手)
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MS模拟中怎么得到Mass density distribution 已有1人参与
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一篇研究关于两物质界面的文章中提到了Mass density distribution这个概念，我想问下在MS中怎么得到： 1.怎么才能得到两物质的Mass density profiles 2.文中做的是动力学，图中纵坐标是密度值，而不是概率。这是怎么得到的，还是说这个密度是取得平均值（文中并没有说） 图中的横坐标应该是一定距离处的含义 |
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 动力学模拟 |
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2楼2017-07-16 11:56:22
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【答案】应助回帖
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1. 打开Xtd文件，在Edit/Atom selection里选中你的目标物，然后Edit Set。这一步是做所有分析的前提。 2. 在Analysis里找到 Concentration Profile，对刚刚set的目标物进行分析，trajectory后面有一个框是选择构象的，不可以分析所有的构象，只分析达到平衡以后的构象。 3. 得到Concentration Profile的结果后，有一个表格，将纵坐标数据根据pigrass提供的帖子进行转换。http://muchong.com/t-7658843-1。将概率转换成density。 |
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8楼2017-07-18 14:11:04
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