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老师您好，请问一下已知RNA序列，怎样找到其启动子？或者有什么方法去查找吗？ @biostar2009 发自小木虫Android客户端 |
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晋鹏
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2017-07-27 07:46:12
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1、第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即110778899-110997788； 2、第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist； 3、第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！ |
myebruary
2楼2017-07-15 15:01:55
3楼2017-07-26 21:27:56
