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Smeb

新虫 (初入文坛)

[求助] 小白刚上手一天,有些问题想请教一下

我看到文献里有人用MS来模拟,我就下载下来用了一下。

我先用其他化学绘图软件,画了个12个氨基酸的环肽,分子量在2000左右,保存成mol格式,然后用MS打开,这都是可以的。

我想做的是,想模拟下两个环肽之间的相互作用力情况比如氢键。

建好结构式模型以后,应该把它放到晶胞里对吧?(今儿刚学的,不确定)我建好了一个最简单的1P1空晶胞,想把结构式粘进去,它告诉我不是非周期性的,可我想设置的时候发现,非周期性那个选项是灰色的不能选呀。(下图二)应该怎么办啊!!!!

然后我又试着用forcite优化一下结构,也跳出来一个错误??(如图一)这怎么解决呢。

小白刚上手一天,有些问题想请教一下


小白刚上手一天,有些问题想请教一下-1


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Smeb

新虫 (初入文坛)

哇,有没有热心的大佬解释一下

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2楼2017-07-12 17:12:39
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泡泡媛

铁杆木虫 (著名写手)

你的第一张图,不是错误,是任务失败,可能是没有收敛,建议你可以选YES把结果下载下来,看输出文件是哪里的问题。建模应该在晶胞里建,建议你再研究下
3楼2017-07-12 20:03:55
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Smeb

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 泡泡媛 at 2017-07-12 20:03:55
你的第一张图,不是错误,是任务失败,可能是没有收敛,建议你可以选YES把结果下载下来,看输出文件是哪里的问题。建模应该在晶胞里建,建议你再研究下

额这么多原子在晶胞里建太麻烦了呀,难道不可以画好再放到晶胞里?我记得看到一个帖子看到过啊。

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4楼2017-07-12 21:04:39
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310496121

至尊木虫 (著名写手)

你的这个结构是非晶态的,可以考虑在modules 里构建一个amorphous cell.计算结果会出现两个环的空间构型,也会有相互作用力的txt

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5楼2017-07-12 21:31:05
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Smeb

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 310496121 at 2017-07-12 21:31:05
你的这个结构是非晶态的,可以考虑在modules 里构建一个amorphous cell.计算结果会出现两个环的空间构型,也会有相互作用力的txt

谢谢您,明天我试一下

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6楼2017-07-12 21:52:18
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ivan2528

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Smeb at 2017-07-12 21:52:18
谢谢您,明天我试一下
...

画好放晶胞怎么操作

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7楼2018-05-19 15:38:54
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