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llsllslls92金虫 (小有名气)
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转录组测序 KEGG通路不富集 后续怎么分析 已有2人参与
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| 转录组测序结果差异基因只有100多个 kegg通路不富集 Qvalue均大于0.05 GO分类也只有3个分子功能富集 那后续结果怎么分析 高手提点下 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
llsllslls92: 金币+10, ★有帮助 2017-07-11 23:37:20
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1、KEGG现在由6个各自独立的数据库组成，分别是基因数据库(GENES database)、通路数据库(PATHWAY database)、配体化学反应数据库(NGAND database)、序列相似性数据库(SSDB)、基因表达数据库(EXPRESSION)、蛋白分子相互关系数据库(BRITE)等。 (1)代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database)中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有的代谢通路：先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因，然后合理地安排EC号，最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物结合起来。图4—5—19为通路数据库的页面尔例。 (2)Ortholog group图表：在KEGG中目前有83个ortholog图表。Ortholog对单个基因的序列的相似性进行识别，检查功能组(如保守的亚通路或分子复合物)中所有组分。KEGG ortholog grope图表表达了三个特征：①一个生物体是否具备组成一个功能组的完整基因；②这些基因是否偶联在染色体上；③在不同生物体中的orthologous基因是什么。例如在基因组中的一个基因簇编码代谢通路中的功能相关的酶簇。在KEGG中，这样的相关簇首先被一个启发式的图表比较算法检测，然后手工编辑为ortholog group图表。现有两种类型的图表比较法，基因组—通路和基因组—基因组比较法。一个ortholog grope图表是这样一组比较的组成部分，它代表了一个通路的保守的部分，也就是通常说的通路基序。 (3)蛋白—蛋白反应：KKGG通路表达的重点在于由基因产物的构成的网络上，其中包含大多数蛋白和功能性RNAs。代谢通路是蛋白—蛋白的间接相互作用(实际上是酶—酶相互作用)形成的网络。而调节通路是蛋白—蛋白的直接相互作用(如结合，磷酸化)和另一种蛋白—蛋白的间接相互作用(通过基因表达与转录因子及基因的翻译产物相关联)构成的网络。一般的蛋白—蛋白的相互作用包括了上面所述的这三种形式的相互作用，它是一个抽象的网络，但是它在与基因组信息的连接中起到关键作用，这样网络中的节点(基因产物)与基因织中的节点(基因)就可以直接相连。有了这样一个蛋白—蛋白相互作用的网络，就可以增加手工绘制的参考通路图了。 2、以人类MAPK通路（编号hsa04010）为例： 一、如何确定一组基因（蛋白）是否在MAPK通路中？通过ftp下载人类hsa04010相关的所有数据。找到hsa04010.gene这个文件，其中包含的就是geneid，gene name，gene的描述，通过这个表就能确定哪个基因是在这个通路中了。 二、如何确定一组基因（蛋白）互作是否在MAPK通路中？１、首先通过http://www.genome.jp/kegg/xml/ KEGG regulatory pathways linked to KO ，http://www.genome.jp/kegg/KGML/KGML_v0.6.1/ko/ko04010.xml下载MAPK通路的xml格式的数据，并保存为xml文件，hsa04010.xml２、使用VisANT软件（http://visant.bu.edu/）进行分析， 步骤如下： （1）打开后，点击左边按钮Clear，清除以前的文件 （2）点File—open：打开hsa04010.xml文件，这时出现MAPK调控网络。 （3）点File—Export as Tab-Delimited File—All:之后将在网页上出现如下格式的数据：K04463 K04464 1 M9999 0.0K02308 K04426 1 M9999 0.0K04371 K04376 1 M9999 0.0K04375 K04379 1 M9999 0.0将此数据copy下来，命名为KO2KOppi这里的K0……编号意思是：KO(KEGG Orthology) ID （4）打开表：hsa04010.orth,将其中的分号；全部替换为Tab符号，将全部的逗号替换为Tab符号，之后用xls打开。除去所有没有KO编号对应的行，我们得到了KO编号对gene name的表，命名为KO2GENE。 （5）通过表KO2KOppi与表KO2GENE对应后，可以得到gene2gene的互作数据。 （6）使用这个gene2gene互作的这个表可以确定要研究的互作数据是不是在MAPK通路中。 |
2楼2017-07-11 09:39:55
3楼2018-06-22 09:59:16
