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淇澳木

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hiseq1500与miseq哪个测微生物多样性好呢亲们？

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1楼 2017-07-06 13:21:31

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微基生物

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现在大多用Hiseq 2500,PE 150，双端测，正向测150，反向测150，加上中间数据拼接-50bp，原理上可以测长度<250bp的片段。
Miseq 2*300，也是双端测，原理上可以测长度<550bp的片段
但实际中，由于随着测序长度的增加，酶的活性降低，测序质量会下降，所以实际检测片段，两个仪器都小于理论值。
肯定是检测的片段越长越好哈。因为得到的信息会越多，在数据库中进行序列比对时，也会更准确。
比如现在16S 双V区（400bp左右），可以比对到属水平，而16S全长（1500bp）一代测序，可以比对到种水平。