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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于VASP并行计算的服务器配置，想购入刀片或机架式服务器
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nico910902

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于VASP并行计算的服务器配置，想购入刀片或机架式服务器已有2人参与

大家好，小弟接触VASP有一段时间，但是大部分计算都在4核8线程服务站上单机并行。由于最近需要计算的模型略大所以想配置一台服务器，刀片式或者机架式100核左右。
请问有哪位大神有相关方面的研究吗,现有以下一些问题，希望有大神相助:

1. VASP的并行计算速度跟哪些因素最相关？（内存，核心数，核心频率...）

2. 目前有两个方案，a 购入10台机架式服务器（双处理器/台，4核2.6GHz/处理器，内存16G/台）组成一个集群；b 直接购入1台刀片式服务器 （拥有10-16个刀片，每个刀片配置与a方案中配置相当，只是频率为2.5GHz）。请问哪种方案更适合VASP并行计算？其实归根结底就是刀片式服务器和机架式服务器的对比以及vasp并行原理的理解。需要考虑服务器搭建，系统软件安装难度等综合因素。。因为这些都需要自己搞而小弟又对编程并不是特别在行，不想浪费太多时间在上边。但是哪位大神有相关学习资料的话非常希望能传给小弟拜读。

3. 对于以上两种方案，12G-16G/台的内存足够吗？小弟主要做一些第一原理分子动力学计算用以拟合一些合金的势函数。

4. VASP在服务器上的编译和在单机上的编译方法相同吗？

求赐教
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1楼2017-07-03 23:14:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
nico910902(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2017-07-04 12:35:56
这样的做法没有价值
1.堆一堆机器，没有好的交换机，跨节点计算慢得无法忍受，到头来你还是在单个节点计算，达不到你的目的......
2.你想算大体系，做MD，建议上GPU
3.内存的话有钱多配点儿
4.编译在哪儿都一样，主要就是库的设置
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2楼2017-07-04 05:35:14
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516516788

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2017-07-04 12:36:31
月只蓝: 金币-10, 违规存档, 最后一次警告，若继续无视警告，发布广告信息，将从重处罚！ 2017-08-01 11:28:04
月只蓝: 已编辑清除广告信息，留下可参考信息。 2017-08-01 11:28:43
1. VASP的并行计算速度跟CPU核心数，CPU主频相关，还需要根据你计算体系大小配置内存大小。

2. 机架式服务器与刀片式服务器本质上一样。建议你找一家对VASP深刻理解的高性能计算集群厂商，提供匹配的配置方案，以及后继集群搭建和维护，特别是VASP在集群上的编译和使用培训。

3. 根据你计算体系大小配置内存大小。

4. 大同小异，建议找VASP等编译、使用的技术支持。
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4楼2017-07-04 10:49:57
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nico910902

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 516516788 at 2017-07-04 03:49:57
1. VASP的并行计算速度跟CPU核心数，CPU主频相关，还需要根据你计算体系大小配置内存大小。

2. 机架式服务器与刀片式服务器本质上一样。建议你找一家对VASP深刻理解的高性能计算集群厂商，提供匹配的配置方案，以 ...

谢谢回复，单机运行的话的确跟cpu本身的一些参数成正，但是并行的话呢，不知道该怎么配置以达到更高的效率。
现在已经决定要入手一台二手刀片服务器了。。由于身在国外没法寻求国内的供货商啊，这点比较尴尬，不过还是谢谢你提供信息.
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7楼2017-07-11 21:00:07
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123dingyc

新虫 (知名作家)
我直接买的44核256G内存

发自小木虫IOS客户端
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9楼2017-07-15 21:46:36
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普通回帖

clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2017-07-04 12:36:10
原则，在预算允许的范围内，尽量把单节点的cpu核心数和内存搞到最大，再加一块gpu计算卡，新版本vasp已经支持gpu了。节点间并行，个人用户的话，暂时还是别考虑了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2017-07-04 10:02:12
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nico910902

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by clickme at 2017-07-04 03:02:12
原则，在预算允许的范围内，尽量把单节点的cpu核心数和内存搞到最大，再加一块gpu计算卡，新版本vasp已经支持gpu了。节点间并行，个人用户的话，暂时还是别考虑了。
...

谢谢回复，小弟是在为一个实验室做预算，所以说并行跨节点运行需要投入的非常多吗？不是只用配置一个千兆交换机就行了嘛？恳请多多赐教
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5楼2017-07-11 20:53:13
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nico910902

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2017-07-03 22:35:14
这样的做法没有价值
1.堆一堆机器，没有好的交换机，跨节点计算慢得无法忍受，到头来你还是在单个节点计算，达不到你的目的......
2.你想算大体系，做MD，建议上GPU
3.内存的话有钱多配点儿
4.编译在哪儿都一样 ...

多谢大神的赐教，配上一个千兆交换机依然效率很低吗？ 如果是刀片服务器的话是不是不用考虑交换机的问题呢？
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6楼2017-07-11 20:56:10
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HgPt

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by nico910902 at 2017-07-11 21:00:07
谢谢回复，单机运行的话的确跟cpu本身的一些参数成正，但是并行的话呢，不知道该怎么配置以达到更高的效率。
现在已经决定要入手一台二手刀片服务器了。。由于身在国外没法寻求国内的供货商啊，这点比较尴尬，不过 ...

看来跨节点用不了了，祝好运！
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新号，请大家多多支持！
8楼2017-07-13 16:58:08
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nico910902

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 123dingyc at 2017-07-15 14:46:36
我直接买的44核256G内存

请问大神买的是刀片服务器么
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10楼2017-07-19 19:16:39
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