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【奖励】 本帖被评价15次,作者cmf0001增加金币 13
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


[资源] 【在线答疑】GULP 计算软件使用经验交流

我使用GULP软件做晶体性质计算工作两年多,并查阅了大量GULP软件相关计算文献,计算材料的各种物理和化学性质非常理想!希望与大家作进一步的交流,本人有相当的使用经验,基本掌握各种命令的使用方法!希望大家能就GULP软件的使用情况在这里讨论!
我已基本完成该软件说明书的翻译工作,希望以后对各位能有帮助!

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:06 ]
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-30 11:16
GULP可以直接下载到免费版本,windows,linux版本都有,只需要通过邮箱注册就行,没必要通过materials studio那个模块来算。那个模块有问题,比如算声子的时候,声子密度就没法输出,而且相对原版的选项少很多。

https://www.ivec.org/gulp/

里面有很详细的手册之类的,用起来不错。
11楼2009-04-25 11:28:47
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普通回帖

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

咋没人顶呢
2楼2009-01-23 19:52:36
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znet0201

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

我也支持下~
3楼2009-01-24 04:50:42
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txf8378

金虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

强烈支持
5楼2009-02-26 09:49:56
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


谢谢

哪里有GULP用户论坛啊,这个软件很不错
6楼2009-03-31 14:38:12
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chunwang

铜虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

我也想用这个模块,不知好用不?里面有支持金属Li的力场,不知该力场计算效果怎样?
7楼2009-03-31 16:16:27
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


计算金属


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-1 21:31
计算金属可能不理想,该软件的特长是计算离子晶体性质非常好。
8楼2009-04-15 20:32:58
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chunwang

铜虫 (小有名气)


可惜没有这个模块的license,用不了。能不能帮忙传一个啊?
9楼2009-04-23 17:31:52
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)


谢谢。我是用XMD。都找不到同路人。
10楼2009-04-23 20:04:22
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langes

铜虫 (小有名气)


这个软件不错的,超牛,几乎什么都可以算
12楼2009-04-26 16:47:35
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


GULP软件

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-30 11:16
yjmaxpayne,说得对可以找该软件所有权人索要,但需提供.edu, .edu.au, and .ac.uk型email地址,仅供学校免费研究,且是Linix版本的。Windows版的要找 Accelrys Inc购买。https://www.ivec.org/gulp/downloads.html
不过该软件学习起来并不难,调用宏命令即可,功能很强大。不过本人也还是只会写基本的,需要进一步学习。
这几年有大量的文献利用该软件发表。等下次我给传上来,包括1998年到现在的。
13楼2009-04-27 15:14:56
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


有关GULP的大量文献

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-30 11:17
14楼2009-04-27 15:24:03
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lzs2218


★★★ 三星级,支持鼓励

GULP是指materials studio 里的GULP嘛?
15楼2009-04-28 11:05:25
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-30 11:17
在materials studio 中也可以用,但要自己编写输入程序才行,不能只靠MS的菜单界面,那里功能太少,而且自己不能拟合势参数。
16楼2009-05-19 09:40:54
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ct417

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

哥们,非常感谢,我QQ154798603,欢迎加我聊
17楼2009-05-19 14:54:06
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swf1632001

新虫 (初入文坛)


支持!!!!!
18楼2009-05-25 13:46:55
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swf1632001

新虫 (初入文坛)


Material studio中如何输出某个原子在某刻的速度和力?

各位好!
我使用的是Materials Studio中的Gulp模块,在模拟结束后生成的output文件有一个“.xtd”文件,就是trajectory file,我想请教各位如何将某个原子在不同frame时对应的速度velocity、力force求出来?
我知道在Materials studio中有对应的Script, 可以编写一个简单的Script进行连续输出,但是当我编写如下时:
#!perl

use strict;
use MaterialsScript qw(:all);

#define the input document and create the study table
my $doc=$Documents{"SiO2_Cylinder(10,100,110)SPY90_2.xtd"};
#create a new study table
my $newStudyTable=Documents->New("ForceXYZ.std";
my $calcSheet=$newStudyTable->ActiveSheet;

#creat the column heading in the study table
$calcSheet->ColumnHeading(0)="ForceAtomXYZ";

$calcSheet->ColumnHeading(1)="AtomicIndexNumber";
$calcSheet->ColumnHeading(2)="Mass";
$calcSheet->ColumnHeading(3)="MassNumber";
$calcSheet->ColumnHeading(4)="ElementName";
$calcSheet->ColumnHeading(5)="Force";
$calcSheet->ColumnHeading(6)="Velocity";

my $count=$doc->Atoms->Count;
print "$count";


for (my $i=0;$i<$count;++$i)
{
my $atom=$doc->DisplayRange->Atoms($i);
my $atomicNumber=$atom->AtomicNumber;
my $elementName=$atom->ElementName;
my $mass=$atom->Mass;
my $massNumber=$atom->MassNumber;
my $elementName=$atom->ElementName;




my $x=$atom->X;
my $y=$atom->Y;
my $z=$atom->Z;
my $point=Point(x=>$x,Y=>$y,Z=>$z);
my $vel=$atom->Velocity;
my $force=$atom->Force;
print "$vel";
print "$force";


#my $distance=$x*$x+$z*$z;
#place into study table


$calcSheet->Cell($i,1)=$atomicNumber;
$calcSheet->Cell($i,2)=$mass;
$calcSheet->Cell($i,3)=$massNumber;
$calcSheet->Cell($i,4)=$elementName;
$calcSheet->Cell($i,5)=$force;
$calcSheet->Cell($i,6)=$vel;
#$calcSheet->Cell($i,7)=$x;
#$calcSheet->Cell($i,8)=$y;
#$calcSheet->Cell($i,9)=$z;
#$calcSheet->Cell($i,8)=$distance;
}


$doc->Close;


运行不下去,老提示说,
Variant contains an object that is not a document (writing property "Cell"  at -e line 56.
5140ISDPoint3d [0x116b0c10]


像这种情况,如何将velocity和force通过某方法直接输出到study table中去?或者直接连续读出来?

望请各位赐教,急用。谢谢!
19楼2009-05-25 13:52:02
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yangsuolong96

铁杆木虫 (小有名气)


很厉害哦

没有编过程序,不知道,
继续努力,会解决得!
20楼2009-05-26 19:56:32
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matianhui

银虫 (小有名气)


有没有用GULP计算晶体缺陷的,势函数的参数是如何获得的,文献中没有我要计算晶体的势函数参数,在软件中如何获得所需的势函数参数?
21楼2009-05-27 10:08:09
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njn0516

木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

顶下 同路中人
22楼2009-05-30 10:56:40
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引用回帖:
Originally posted by matianhui at 2009-5-27 10:08:
有没有用GULP计算晶体缺陷的,势函数的参数是如何获得的,文献中没有我要计算晶体的势函数参数,在软件中如何获得所需的势函数参数?

那恐怕需要根据同类晶体的势形式自己拟合势参数
不是一个简单的事情
23楼2009-05-30 11:18:26
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ct417

金虫 (正式写手)


我用gulp做计算的时候,只能计算缺陷的生成能以及结合能,看到很多文献上都有用gulp计算出来的图,哪位大侠能帮忙介绍一下gulp 计算其他方面的性质是怎么计算出来的?谢谢了。
25楼2009-05-31 23:48:36
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cmf0001

铜虫 (小有名气)


回复

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 21:31
体相性质在能量最小化后可以计算,执行 命令中输入property 、phono即可。
其它特殊性质,如光学性质等要在程序中加入命令和相关参数才行。
可以计算缺陷能和扩散能,扩散能是和原子扩散坐标有关,所以为图形。
26楼2009-06-01 15:00:38
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)


★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 21:32
引用回帖:
Originally posted by swf1632001 at 2009-5-25 13:52:
Material studio中如何输出某个原子在某刻的速度和力?

各位好!
我使用的是Materials Studio中的Gulp模块,在模拟结束后生成的output文件有一个“.xtd”文件,就是trajectory file,我想请教各位如何将某个原 ...

你的Force和Velocity的格式有问题,必须像坐标一样,指定到各个方向上才是标量,比如:$force_x = $Force->X; $velocity_ x = $velocity->X. 否则$Force 和 $ vel 不能输出。

相信这个问题解决以后你肯定能够输出的。
27楼2009-06-01 19:31:51
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ruixue

铜虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

,GULP好像不错,功能还是挺全的。谢谢你提供资料。
28楼2009-09-23 23:22:22
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火柴天堂7909

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xiaojuan5886 at 2009-4-23 20:04:
谢谢。我是用XMD。都找不到同路人。

啥是XMD?
29楼2009-11-26 17:01:12
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)



lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 关于XMD的可以在LAMMPS子版讨论 12-14 20:14
引用回帖:
Originally posted by 火柴天堂7909 at 2009-11-26 17:01:

啥是XMD?

XMD - Molecular Dymamics for Metals and Ceramics
http://xmd.sourceforge.net/doc.html
30楼2009-11-27 09:16:25
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sg18408926

至尊木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西啊
31楼2009-12-08 08:42:02
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abcasi

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

强烈支持
32楼2009-12-14 14:23:21
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doudouding

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-5-30 11:18:


那恐怕需要根据同类晶体的势形式自己拟合势参数
不是一个简单的事情

用同类晶体拟合出来的势参数应用到掺杂体系里会有一些问题,得到的结果不很理想,我也想得到掺杂离子和周围离子之间的势参数,还没有找到什么好的办法。哪位高人能指教一下
33楼2009-12-15 21:12:13
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baoer3808

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐


zeoliters(金币+1,VIP+0):鼓励交流! 12-29 16:29
用gulp计算出声子谱后得出了.dens 和.disp ,
.dens的数据如下:
# Total Phonon DOS
# Structure number  1
    0.00000    0.000000
    0.00000    0.000000
    0.00000    0.000000
    0.00000    0.000000
    0.00000    0.000000
    0.00000    0.000000
    0.00001    0.000000
    0.00001    0.000000
    0.00001    0.000000
    0.00001    0.000000
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    0.00003    0.000000
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    0.00004    0.000000
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    0.00004    0.000000
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    0.00004    0.000000
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    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00005    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000
    0.00006    0.000000

请问一下这两列数字是什么意思,为什么第二列全是零呢?
谢谢大家了····
34楼2009-12-24 11:30:22
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lingling1039

银虫 (正式写手)


用gulp如何模拟能量体积曲线,希望高人指示一下,谢谢
35楼2010-01-03 21:41:11
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支持 师兄继续开贴
36楼2010-01-13 16:22:12
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zxzj054楼
2009-02-20 16:43   回复  
 
2009-05-30 15:41   回复  
 支持!
abcasi37楼
2010-01-14 16:54   回复  
 
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