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lammps运行一定步数后停止（感觉是MPI的问题） Signal: Segmentation fault 已有2人参与
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lammps安装好之后试着跑过例子，并行串行都没问题。 现在实际开始跑体系了，用reaxff，遇到的问题就是 比如设置并行跑一定步数，中间会报错停止： out文件里面的错： ---------------- Step 5020000 ----- CPU = 1251.1345 (sec) ---------------- TotEng = -380902.9196 KinEng = 13016.8627 Temp = 992.7001 PotEng = -393919.7822 E_bond = 0.0000 E_angle = 0.0000 E_dihed = 0.0000 E_impro = 0.0000 E_vdwl = -388558.1753 E_coul = -5361.6069 E_long = 0.0000 Press = 627.1629 -------------------------------------------------------------------------- mpirun noticed that process rank 30 with PID 81743 on node node04 exited on signal 11 (Segmentation fault). 然后另一个文件里写的是： [node04:81743] *** Process received signal *** [node04:81743] Signal: Segmentation fault (11) [node04:81743] Signal code: Address not mapped (1) [node04:81743] Failing at address: 0x166f458b8 [node04:81743] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x39bf00f710] [node04:81743] [ 1] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xd54c63] [node04:81743] [ 2] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xc351ac] [node04:81743] [ 3] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xdd5c57] [node04:81743] [ 4] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xd88643] [node04:81743] [ 5] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x894269] [node04:81743] [ 6] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x88de1d] [node04:81743] [ 7] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x889b5b] [node04:81743] [ 8] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x8a9384] [node04:81743] [ 9] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x39bec1ed5d] [node04:81743] [10] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x40ad59] [node04:81743] *** End of error message *** 这个问题困扰已久，也搜过资料，有的说法是结构不好之类的。但是我试过同样的输入文件，在我们这里设置np=1的时候跑就可以跑完，也在别的地方跑完了。（一般设置np=40，然后就会报错），所以怀疑是MPI的问题。 在lammps user里面看到有人回复说这不是lammps的错，是cluster的问题，不过我们的机子上跑其他软件并行没问题，gromacs，高斯都可以。 目前还在in文件的pair_style reax/c lmp_control 加了 safezone 1.6 mincap 100 （手册说可以防止Segmentation fault，但续跑之后中间又停了） 当时编译时修改的部分： # mpi = MPI with its default compiler SHELL = /bin/sh # --------------------------------------------------------------------- # compiler/linker settings # specify flags and libraries needed for your compiler CC = mpicxx CCFLAGS = -g -O3 -restrict SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = mpicxx LINKFLAGS = -g -O LIB = SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 # MPI library # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual # MPI wrapper compiler/linker can provide this info # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings # PATH = path for MPI library # LIB = name of MPI library MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/opt/openmpi/include MPI_PATH = -L/opt/openmpi/lib MPI_LIB = -Ipthread -Impi # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW -I/home/lmp/fftw2/include FFT_PATH = -L/home/lmp/fftw2/lib FFT_LIB = /home/lmp/fftw2/lib/libfftw.a 不知道是哪里有问题吗？或者有谁经历过这个问题吗，如果能给我一些指导的话感激不尽~ |
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lijf517
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应该不是MPI本身的问题。可能是你结构的问题。举个极端点的例子。比如你的体系一共只有20个原子，你却分配了40个cpu。那么肯定有一部分进程上是没有原子的，这是程序可能就会出错。也可能初始时各个cpu都有原子，但计算过程结构扭曲太厉害，原子都挤到一起去了，造成某些个CPU负责的区域变成空的了，没有原子了，计算也可能会出错。而串行过程是不会存在类似的问题的 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-06-26 16:43:40
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觉得好像也有可能。我现在的体系是用packmol建立的，一共4400个原子，一开始设置的边长是45埃的立方盒子。但是用virtual nanolab转换成lammps的data文件后，边长会自动设置成65埃的样子。一开始的构型就是氧气分子和碳氢化合物都聚在中间（应该是45埃大小的盒子里），后来跑起来了，氧气分子会跑到盒子边缘的地方来，但是大部分分子还是聚集在中间。可能这个会导致报错吧。 上传了两个轨迹的截图，一张是初始构型，另一张是跑开了的构型。大概是初始构型太不合理的缘故？ 谢谢你的回复，能再麻烦你看下图片吗？你这样一说我确实觉得初始构型有点问题。 感谢~  1.jpg  2.jpg |
3楼2017-06-26 17:43:28
4楼2017-06-26 21:19:03
5楼2017-06-26 23:05:24
6楼2017-10-19 16:21:06
7楼2019-03-14 16:13:20