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michelle8812

新虫 (小有名气)

[交流] [求助]GULP计算YAG晶体表面能

YAG,分子式为Y3Al5O12,属于立方晶系,空间群为Ia3d
单位晶胞中包含8个YAG分子,共160个原子,其中阳离子都处在特殊位置,O2-离子处在一般位置:
24个Al 离子处于O离子构成的正四面体的中心
16个Al 离子位于O离子构成的正八面体中心
这些正八面体和正四面体所占据的空间,其间形成一些十二面体的空隙,呈畸变立方,角上为O离子,中心位置为Y离子,单位晶胞中有24个Y
原子坐标:
Al 16 a (0, 0, 0),
Al 24 d (0.375, 0, 0.25),
Y 24 C (0.125, 0, 0.25),
O 96 h (-0.02985, 0.05056, 0.14878).

采用MS的GULP模块计算(001),(-110)(-112)三个晶面的表面能,采用“Bush”力场,创建的表面模型和优化后的结构如图所示










我建的表面模型厚度都是最小值,就是模型所含原子数与单位晶胞的相同,计算出来(-112)和(-110)的表面能分别为-0.06352和-0.1792 J/m2, 但是(001)的计算过程很快停止,无法继续进行,原文如下

Start of surface optimisation :
  Cycle:      0 Energy:     -2439.461143  Gnorm:      3.619983  CPU:    2.672
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      1 Energy:     -2789.807186  Gnorm:      2.999379  CPU:   10.391
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      2 Energy:     -3268.548968  Gnorm:      2.141373  CPU:   19.500
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      3 Energy:     -3496.883530  Gnorm:      2.090267  CPU:   28.875
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      4 Energy:     -3962.867941  Gnorm:      1.027086  CPU:   38.156
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      5 Energy:     -4309.378260  Gnorm:      0.708665  CPU:   47.344
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      6 Energy:     -4310.303948  Gnorm:      0.710238  CPU:   56.625
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      7 Energy:     -4310.359825  Gnorm:      0.710336  CPU:   66.016
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      8 Energy:     -4311.057138  Gnorm:      0.711578  CPU:   75.125
  ** Hessian calculated **
  Cycle:      9 Energy:     -4311.057138  Gnorm:      0.711578  CPU:   84.266
  ** Hessian calculated **


  **** Conditions for a minimum have not been satisfied. However ****
  **** no lower point can be found - treat results with caution  ****
  **** unless gradient norm is small (less than 0.1)             ****

不知该如何解决,不知是哪里出现问题导致计算停止了?此外,从图片可以看出优化后的结构和优化前有很大区别,不知道这样算出来的表面能数据是否可靠?是不是需要增加表面厚度呢?
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doudouding

木虫 (小有名气)


michelle8812(金币+1,VIP+0):谢谢讨论 2-16 16:25
这么多原子,要算多少时间啊
没用GULP,帮你顶一下吧
2楼2009-02-11 21:01:11
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢交流 2-12 18:46
michelle8812(金币+1,VIP+0):报告里面还有个"error: shell has been found with no matching core",这是什么意思?是不是力场选的不对? 2-13 09:49
michelle8812(金币+2,VIP+0):谢谢 2-13 09:50
这个提示是说,计算没有很好地收敛,没有达到收敛要求,但是又找不到更优的结果了。

你可以试着改变一下力场,改变一下初始构型,再试试看。
3楼2009-02-12 09:43:33
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michelle8812

新虫 (小有名气)

只有Bush力场全部包括了Y,Al,O三元素,其他力场不全,怎么办?
我后来改了表面摸型得设置,开始计算时top值为0.00,thickness为1.00,优化时出现上述结果,后来增加了top值,thickness不变,就可以计算了,请问我这么做对吗?
4楼2009-02-13 09:55:33
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

★ ★
michelle8812(金币+1,VIP+0):谢谢~ 2-20 22:06
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 5-31 23:51
引用回帖:
Originally posted by doudouding at 2009-2-11 21:01:
这么多原子,要算多少时间啊
没用GULP,帮你顶一下吧

GULP是经验方法,计算很快
储氢家族欢迎储氢研究者!
5楼2009-02-13 13:12:19
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

★ ★ ★
michelle8812(金币+2,VIP+0):非常感谢,初始接触GULP,很多地方都不太懂。。。 2-13 20:51
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 2-14 09:52
引用回帖:
Originally posted by michelle8812 at 2009-2-13 09:55:
只有Bush力场全部包括了Y,Al,O三元素,其他力场不全,怎么办?
我后来改了表面摸型得设置,开始计算时top值为0.00,thickness为1.00,优化时出现上述结果,后来增加了top值,thickness不变,就可以计算了,请问我 ...

gulp的力场可以从网上下载,具体网址我也记不清,
gulp官方网站下载源代码,里面带的力场应该全一些,
用google都可以搜索到。

top值影响的是表面的起始层面,试一试就可以看见一个虚线框在变动。
建议看看http://muchong.com/html/200612/364805.html表面建模
储氢家族欢迎储氢研究者!
6楼2009-02-13 13:22:43
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
michelle8812(金币+1,VIP+0):谢谢 2-13 20:53
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 2-14 09:52
michelle8812(金币+1,VIP+0):报告里面还有个"error: shell has been found with no matching core",这是什么意思?是不是力场选的不对? 2-13 09:49

Bush 力场库是壳模型参数库。可惜我对壳模型不是很熟悉,没有用过壳模型。不过我想不会是力场选取不对,你还是改一改初始条件可能好些。
7楼2009-02-13 17:08:04
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michelle8812

新虫 (小有名气)

Bush力场里的core和shell都指的什么呢?我怎么才能知道哪个力场更适合我计算Y3Al5O12呢?
8楼2009-02-13 20:56:12
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doudouding

木虫 (小有名气)


qasd(金币+1,VIP+0):谢谢讨论 2-23 12:42
用GULP可以自己拟合得到力场参数
9楼2009-02-22 20:44:24
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michelle8812

新虫 (小有名气)

请教拟合的大概步骤

非常感谢~ 请问用GULP自己拟合的大致步骤?或是有没有文献?
10楼2009-02-23 16:25:44
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