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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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折翼的飞鸟

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于lammps计算配位数问题

请问我的这个计算配位数的问题,输出总是报错,该怎么输出呢?
compute             coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3
dump                2  workpiece  custom  100  si1.lammpstrj  id  type  x  y  z  c_coord
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1363)
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cl1994861

金虫 (小有名气)


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你这个error已经提示了,说compute不能计算per-atom vector啊,还有配位数不是径向分布函数的积分?这个是后来的数据处理的事么,能够直接输出出来么
2楼2017-06-15 10:53:58
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折翼的飞鸟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-15 10:53:58
你这个error已经提示了,说compute不能计算per-atom vector啊,还有配位数不是径向分布函数的积分?这个是后来的数据处理的事么,能够直接输出出来么

文献里有一个工件根据配位数着色的问题,这个应该是算出来的。我把后面的1*3删了,可以输出。顺便请教个问题,就是compute     coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3,我这个命令后面的3  1*3,这是原子类型3给原子类型1*3贡献吗?还是怎样?有点懵
3楼2017-06-15 11:23:13
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cl1994861

金虫 (小有名气)


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这个我也不太清楚,我也没用过这个命令。。。
4楼2017-06-15 14:35:14
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牛很牛

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
还有一个疑问就是截断距离是1埃吗?如果是的话,这么小的距离,怎么可能得到一个配位数
5楼2019-07-02 16:47:49
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