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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于lammps计算配位数问题
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折翼的飞鸟

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于lammps计算配位数问题

请问我的这个计算配位数的问题，输出总是报错，该怎么输出呢？
compute             coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3
dump                2  workpiece  custom  100  si1.lammpstrj  id  type  x  y  z  c_coord
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1363)
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1楼 2017-06-15 10:37:03
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cl1994861

金虫 (小有名气)
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你这个error已经提示了，说compute不能计算per-atom vector啊，还有配位数不是径向分布函数的积分？这个是后来的数据处理的事么，能够直接输出出来么
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2楼2017-06-15 10:53:58
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折翼的飞鸟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-15 10:53:58
你这个error已经提示了，说compute不能计算per-atom vector啊，还有配位数不是径向分布函数的积分？这个是后来的数据处理的事么，能够直接输出出来么

文献里有一个工件根据配位数着色的问题，这个应该是算出来的。我把后面的1*3删了，可以输出。顺便请教个问题，就是compute     coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3，我这个命令后面的3  1*3，这是原子类型3给原子类型1*3贡献吗？还是怎样？有点懵
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3楼2017-06-15 11:23:13
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cl1994861

金虫 (小有名气)
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这个我也不太清楚，我也没用过这个命令。。。
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4楼2017-06-15 14:35:14
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牛很牛

新虫 (小有名气)
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还有一个疑问就是截断距离是1埃吗？如果是的话，这么小的距离，怎么可能得到一个配位数
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5楼2019-07-02 16:47:49
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