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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 共线性
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jiuhongse

新虫 (初入文坛)

[求助] 共线性 已有1人参与

大家好，从头测序的基因组scaffold序列与参考染色体序列进行共线性分析的时候，是用mummer直接比对获得共线性区域呢，还是先用mauve对齐到染色体序列后再用mummer比对呢，看文献都有呢，到底哪个更合适点呢？还有同时找到重排后怎么分析其断点特征呢？谢谢`
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1楼 2017-06-11 17:10:29
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分子微生物学

新虫 (初入文坛)
楼主你好，想请教下mummer怎么把序列导入，进行比对

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2楼2017-11-06 19:25:53
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BALOs

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主，您好，请问您你可以用mummer软件吗？我没有装Linus系统，用不了，若可以的话，可否帮我跑一下，有偿也行，非常感谢！
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3楼2018-01-13 09:48:56
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小小西早

新虫 (初入文坛)
请问用mummer的mummerplot画图以后用gnuplot输出以后的图不懂怎么分析，比如红色是正向匹配，蓝色，还有没有形成线性而且一些零散的点说明两个序列间相似性很差是吗？

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4楼2019-07-24 20:34:48
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