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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 求助，Material Studio 8.0 Cluster 提交多机作业无法计算
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sbingyi

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 求助，Material Studio 8.0 Cluster 提交多机作业无法计算

Material Studio 8.0 Cluster 已经配置好 Torque 调度系统，并能提交并计算单机作业（14核 或者28核，集群双路cpu，每cpu 14核） 。
但是提交多机作业（大于28核 或者大于14核分配到不同节点上）时，会一直卡住，没有任何的输出，也没有新文件生成。

我弄了好几天了，怀疑是 Licences 的问题，多机计算时无法授权 Linceses，想请教大家一下。

提交了一个多机的 DMol3 作业，终止之后 检查应该是卡死在
引用回帖:
Run: /opt/accelrys/MaterialsStudio8.0/bin/perl /opt/accelrys/MaterialsStudio8.0/etc/Gateway/root_default/dsd/servers/DMol3.pl -standalone -fromdsd fromdsd.txt -todsd todsd.txt

而 todsd.txt 文件如下
引用回帖:
1496842082        status        new        setup
1496842082        status        new        starting
1496842083        status        new        queued
1496842085        progress                -1
1496842088        status        new        running
1496842767        status        new        stopping
1496842775        progress                100
1496842775        message        error        Application finished with no output file GeP3-5L-1.outmol
1496842776        status        new        failure-completed

很明显 在status        new        running 之后就卡住了，而一直过了700s 被我终止掉才出现stopping

对比运行成功的单机版 输出
引用回帖:
1496842481        status        new        setup
1496842481        status        new        starting
1496842482        status        new        queued
1496842484        progress                -1
1496842488        status        new        running
1496842489        message                License checkout of MS_dmol successful
1496842489        message                License checkout of MS_dsolid successful
1496842498        intermediate        file        GeP3-5L-1.car
1496842498        intermediate        file        GeP3-5L-1.monitor
1496842503        message                SCF converged
1496842508        intermediate        file        GeP3-5L-1.car
1496842508        intermediate        file        GeP3-5L-1_opt.summ
1496842508        intermediate        file        GeP3-5L-1.monitor

可以发现是立即出现 License successful。

除了交互式的提交，我使用命令行，用2机2核 也会卡死在 DMol3.pl -standalone -fromdsd fromdsd.txt -todsd todsd.txt 而无任何输出 而单机就能立即算出

这可以说明是Lincese的原因吗，还是说是其他的问题，论坛里有人知道Cluster 的Lincense 如何正确的安装吗 (我是从网上随便找的License)

这个问题已经困扰我好几天了，搜遍了安装文档和网上，也不知道 Cluster 和Lincense 的正确安装方式

集群信息如下

集群有master 登录节点，node 1-8 计算节点， 在master上安装好 Material Studio 8.0 后，通过nfs共享给 node 1-8
master 端口是18889

master配置信息
求助，Material Studio 8.0 Cluster 提交多机作业无法计算
Lincese 配置信息
求助，Material Studio 8.0 Cluster 提交多机作业无法计算-1
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1楼 2017-06-07 22:16:00
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sandf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sbingyi at 2017-06-08 09:50:10
跟之前描述的一样，如果mpd.hosts有多个节点那么就会卡住，
这是某次提交56核作业的mpd.hosts: (torque 的 numa 设置, 每14核作为一个node)
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
no ...

你参考一下下面这个帖子看看，虽然是老版本，但基本配置应该变化不大：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=63348&do=blog&id=33755
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努力呀努力，不要成为奴隶。
5楼2017-06-08 21:03:19
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sbingyi

铁杆木虫 (正式写手)
另外，queuingsystem 也设置了 NumCPUSsperNode = 14
torque 计算其他任务时很正常，应该也不是torque配置的问题
赞一下 回复此楼
2楼2017-06-07 22:18:28
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sandf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sbingyi at 2017-06-07 22:18:28
另外，queuingsystem 也设置了 NumCPUSsperNode = 14
torque 计算其他任务时很正常，应该也不是torque配置的问题

查一下任务运行后生成的mpd.hosts文件内容（在jobs目录下的随机任务名目录下）。
赞一下 回复此楼
努力呀努力，不要成为奴隶。
3楼2017-06-08 07:40:27
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sbingyi

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sandf at 2017-06-08 07:40:27
查一下任务运行后生成的mpd.hosts文件内容（在jobs目录下的随机任务名目录下）。...

跟之前描述的一样，如果mpd.hosts有多个节点那么就会卡住，
这是某次提交56核作业的mpd.hosts: (torque 的 numa 设置, 每14核作为一个node)
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
node8
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node6
node6
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node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
node5
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node5
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4楼2017-06-08 09:50:10
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