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xu566131

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么在Pearson’s correlation 得到 false discovery rate (FDR) 值

请问
怎么在Pearson’s  correlation  得到 false discovery rate (FDR) 值
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

请问你的问题解决了吗?我也遇到同样的问题,请问怎么解决的?
2楼2017-07-29 16:13:23
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jumphone

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1楼: Originally posted by xu566131 at 2017-06-05 14:29:32
请问
怎么在Pearson’s  correlation  得到 false discovery rate (FDR) 值

利用R里面的cor.test(x,y),结果中会输出cor (也就是相关系数) 和p-value,对于两个变量的p-value而言不用算fdr的,或者说,此时的p-value就是你拒绝原假设的fdr 。但在做了多个变量后得到了多个p-value后,可用p.adjust()计算fdr。也有R包可以直接解决这个问题,比如psych包中的corr.test(),可以查看其帮助文件了解更多。

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3楼2017-07-29 17:44:30
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jumphone at 2017-07-29 17:44:30
利用R里面的cor.test(x,y),结果中会输出cor (也就是相关系数) 和p-value,对于两个变量的p-value而言不用算fdr的,或者说,此时的p-value就是你拒绝原假设的fdr 。但在做了多个变量后得到了多个p-value后,可用p.a ...

也就是说,SPSS做Bivariate Correlations分析,是不需要额外做FDR矫正的,对吗?
4楼2017-07-31 09:21:34
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jumphone

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xinongfish at 2017-07-31 09:21:34
也就是说,SPSS做Bivariate Correlations分析,是不需要额外做FDR矫正的,对吗?...

FDR矫正是针对多重检验问题而言的。你用R中的p.adjust的fdr方法矫正单独一个p-value时得到的fdr值就是这个p-value。

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5楼2017-07-31 23:36:09
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jumphone at 2017-07-31 23:36:09
FDR矫正是针对多重检验问题而言的。你用R中的p.adjust的fdr方法矫正单独一个p-value时得到的fdr值就是这个p-value。
...

多变量(大于2个)的相关分析,原则上都需要做FDR矫正吧?换句话说,多变量相关分析都属于多重检验吗?

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6楼2017-08-01 08:11:53
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jumphone

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xinongfish at 2017-08-01 08:11:53
多变量(大于2个)的相关分析,原则上都需要做FDR矫正吧?换句话说,多变量相关分析都属于多重检验吗?
...

我理解你说的多变量相关分析就是多个变量间两两进行相关分析,那么自然会得到多个p-value,所以需要矫正

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7楼2017-08-01 08:31:30
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jumphone at 2017-08-01 08:31:30
我理解你说的多变量相关分析就是多个变量间两两进行相关分析,那么自然会得到多个p-value,所以需要矫正
...

好的,谢谢,矫正做完很多都不显著了
8楼2017-08-01 14:19:25
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