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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 16s序列比对
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生化小刘

新虫 (初入文坛)

[求助] 16s序列比对 已有3人参与

急急急，各位大神，测出菌的16s大小在1500bp左右，在比对的时候需要掐头去尾，大概要去多少啊，谢谢大家了

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1楼 2017-06-02 22:53:46
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weebug

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S rrNA的全长大概是1522bp。应该不需要处理什么了啊
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天蓝蓝兮日头晒
2楼2017-06-03 11:22:39
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jeveyli

新虫 (初入文坛)
为什么要掐头去尾？你用什么测的啊？不同菌长度有些差异的吧，直接扔NCBI不行吗

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3楼2017-06-03 11:38:37
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曲水流

新虫 (正式写手)
通过与ncbi上的序列多序列比对，大概就可以确定去掉多少了

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4楼2017-06-03 23:53:25
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mengxiaolu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小冀-: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-06-06 08:58:25
如果是连到载体上再送去测，就把载体按序列和大致的酶切顺序对一下，去除载体就可以 ，剩下的就是全部的你的目的片段，可以直接拿去比对。如果是扩增引物测序，引物结合的位点一般测的不好，在结果中也找不到引物序列，而且从引物往里还会有一段测得不好，从峰图上就可以看出，这样就把测得不准的头和尾去了就是可以比对的部分了。这样比对同源性结果会准确一点
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5楼2017-06-04 20:12:49
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不懂事的我

新虫 (正式写手)
我一般前后各去掉300bp

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6楼2017-06-05 16:09:32
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KunnkA

金虫 (小有名气)

退堂鼓表演艺术家

【答案】应助回帖

http://www.ezbiocloud.net/ 这个网站鉴定菌株比较好用推荐给你我用了一段时间感觉还可以。
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知行合一
7楼2017-06-06 11:01:51
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chen卡神

新虫 (小有名气)
16s一般需要拼接，拼接的时候看峰图，一般开始20个碱基和末尾20个碱基需要去掉，具体情况由峰图决定

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8楼2017-06-11 00:12:00
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