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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 建立超胞后，为了研究体系掺杂，如何选择替换原子？
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不久又一年

新虫 (初入文坛)

[求助] 建立超胞后，为了研究体系掺杂，如何选择替换原子？ 已有3人参与

也可以说，替换原子的机制如何选择，还就是任意选择？

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1楼 2017-05-30 11:11:52
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
不久又一年(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2017-05-31 20:33:03
理想情况下，把对称性不同的位置全部遍历一次
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计算顺利点吧
2楼2017-05-30 15:08:17
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普通回帖

不久又一年

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-30 15:08:17
理想情况下，把对称性不同的位置全部遍历一次

那边界上的呢？

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3楼2017-05-31 20:20:30
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 不久又一年 at 2017-05-31 20:20:30
那边界上的呢？
...

周期性边界条件，边界上也是根据对称性遍历不同位置就可以
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计算顺利点吧
4楼2017-06-01 09:48:03
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njuxyh

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
蛋蛋小童鞋: 违规存档, 该回答不属于应助。 2017-06-02 15:53:42
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-30 15:08:17
理想情况下，把对称性不同的位置全部遍历一次

对称性怎么判定呢？

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5楼2017-06-01 21:23:22
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Brutallus

木虫 (正式写手)

智障

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by njuxyh at 2017-06-01 21:23:22
对称性怎么判定呢？
...

视被替换的原子的环境而定。

比如立方MnO，Mn只有一种环境，替换的话，任意一个都是等价的

比如富锂材料，Li有两种环境，用碱金属替换的话，Li层的Li和过渡金属层的Li是不一样的，需要至少两个模型。
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职业卢瑟，爱好逗比，行为贱格
6楼2017-06-02 14:12:52
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njuxyh

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by Brutallus at 2017-06-02 14:12:52
视被替换的原子的环境而定。

比如立方MnO，Mn只有一种环境，替换的话，任意一个都是等价的

比如富锂材料，Li有两种环境，用碱金属替换的话，Li层的Li和过渡金属层的Li是不一样的，需要至少两个模型。...

有时候超胞原子多，环境同不同，肉眼看不出来，有没有好一些的办法呢？谢谢

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7楼2017-06-02 16:30:04
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get-it

新虫 (小有名气)
可以看看https://orex.github.io/supercell/
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8楼2017-06-02 17:06:50
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Brutallus

木虫 (正式写手)

智障
引用回帖:
7楼: Originally posted by njuxyh at 2017-06-02 16:30:04
有时候超胞原子多，环境同不同，肉眼看不出来，有没有好一些的办法呢？谢谢
...

装了MS可以直接点击取代原子，选择对称类，就能看到全部的等价原子。

能导出cif的话，同一类原子会简化，只留一个。

如果用别的平台，位置文件能导出吧？根据晶体对称性。比如Pnma群，（x,y,z）(-x,y+1/2,-z)，（-x+1/2，-y,z+1/2）等一共8个点是等价的。一个一个找就行。其他群同理
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职业卢瑟，爱好逗比，行为贱格
9楼2017-06-03 17:51:08
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njuxyh

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by get-it at 2017-06-02 17:06:50
可以看看https://orex.github.io/supercell/

谢谢，刚刚看了一下这个软件的介绍，感觉很有用，

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10楼2017-06-04 19:47:13
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