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新虫 (初入文坛)

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[交流] 如何利用TCGA找到某个基因在癌症中的表达情况？已有1人参与

TCGA为目前最大的癌症数据库，那么如何知道某个基因在某种癌症中的表达情况及预后效果呢？现在我有一套肝癌的转录组数据（部分），上传文件格式矩阵+分组，或者直接上传差异列表到Omicsbean-Cancer。

图片1.png

数据上传之后，后台数据库会自动筛选出五个不同分型的子集：激酶、磷酸化激酶、转录因子、酶底物和药靶。我们可以单独对这不同的类型筛选差异，然后功能富集。

图片2.png

在富集结果中我们不仅可以看到之前在Omicsbean中有的结果，还可以看到更多的信息。下图可以看到AACS在36种癌症中的表达情况，及在肝癌中的生存曲线。结果显示AACS在LHC（肝癌）中高表达，生存曲线受到显著影响，表明高表达的AACS预后效果较好。根据选择的重要基因，我们也可以构建分子模型网络图。