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我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 请问Velvet软件的kmer应该怎么计算取值范围? 已有1人参与

使用Velvet做系列拼接,但是kmer的取值不清楚怎么有效的缩小取值范围,现在只能所有的都试,效率太低了。请问有没有哪位大佬能指点迷津?测序长度150bp的序列应该怎么选取kmer值?
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zyz2007

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的是单基因组还是宏基因组?如果是单个微生物的,推荐试下spades,宏基因组试下megahit。
他们都是基于多个kmer的方法,结果更好
2楼2017-05-26 07:02:12
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