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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请教下各位使用autodock做小分子与蛋白对接的大神
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无言969

木虫 (正式写手)

[求助] 请教下各位使用autodock做小分子与蛋白对接的大神 已有1人参与

小弟最近做小分子与蛋白的对接，所有对接参数包括格子中心以及大小的设置以及对接算法均相同，但是同一个小分子与蛋白对接时重复对接多次得到的结果都有所差异，包括氢键以及结合能。结合能差异大概在0.5左右，但氢键时多时少。我想问下这种情况正常吗？那在论文中附模拟数据时该怎么说呢?
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1楼 2017-05-21 10:28:35
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
autodock还是vina？vina重复性好点
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2楼2017-05-23 09:38:58
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无言969

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2017-05-23 09:38:58
autodock还是vina？vina重复性好点

不是Vina，只是autodock
感觉不太靠谱啊，如果重复性这么差的话
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3楼2017-05-25 10:02:31
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awfbzp31
4楼2017-08-19 17:56:04
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