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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » [求助]优化晶格参数的bash脚本
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emily6526

铁虫 (初入文坛)

[交流] [求助]优化晶格参数的bash脚本

#! /bin/bash
BIN=˜vw/bin/vasp.4.6
rm WAVECAR
for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
$i
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=‘tail -1 OSZICAR‘ ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc

这里的“BIN”是什么意思？我是在集群上算的，用的是并行环境，执行程序是/usr/local/vasp/vasp.4.6/vasp。我要怎么设置BIN？
请大家帮帮忙，万分感谢！

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-22 at 22:18 ]
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1楼 2009-01-09 10:49:12
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gym-0406

可惜我不知道这个问题
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2楼2009-01-09 18:48:50
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
应该不用设置吧，这不是系统默认的吗
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3楼2009-01-09 20:55:39
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emily6526

铁虫 (初入文坛)
他的系统应该是在单机上运行的，我是在集群上并行运行的。就是BIN的设置有问题，不知如何解决。你们应该也做过这样的优化，有知道的请回个帖。不过还是非常谢谢你们
赞一下 回复此楼
4楼2009-01-09 21:13:34
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TIGERYZZ

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thank you very much!
BIN的设置为了指定机器上VASP执行程序所在的位置
如果你在安装时已经把vasp拷贝到系统或者用户的bin目录下（/bin/ or ~/bin）
那么这一行就可以不用了
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5楼2009-01-09 21:55:58
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xiaomagh

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
wuchenwf(金币+3):感谢讨论 1-17 19:50
#! /bin/bash
BIN=/usr/local/vasp/vasp.4.6/vasp
rm WAVECAR
for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
$i
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=‘tail -1 OSZICAR‘ ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc
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6楼2009-01-16 23:04:15
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2):xiexie讨论 1-23 08:24
BIN应该就是计算主程序的路径了.楼主可以问下集群的负责人,看看怎么并行调用.有时候干脆给出绝对路径算了,有时候需要恰当的MPI命令. 比如我在用NAMD的时候,会在脚本里面这样调用:

mpiexec /usr/local/apps/NAMD2.6/linux86/Linux-i686-MPI/namd2 1.conf > 1.out

希望能给楼主一些参考.
赞一下(10人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
7楼2009-01-23 04:51:21
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