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omicsbean

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？ 已有11人参与

KEGG PATHWAY数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络：新陈代谢；遗传信息加工；环境信息加工；细胞过程；生物体系统；人类疾病；药物开发。

那么如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建呢？我这里分享我常用的一个方法。用到的数据id类型一般是基因名/uniprot号/化合物名，或者带有相对应的foldchange（差异倍数），如图1。  
如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？
图片1

将数据上传至omicsbean（http://www.omicsbean.cn），运用超几何算法对KEGG通路进行富集分析。下图展示了p值小于0.05的21个通路的分类情况（A：新陈代谢；B：遗传信息加工；C：环境信息加工；D：细胞过程；E：生物体系统；F：人类疾病；）,并显示了参与该通路的基因个数。同时我们也可以看一下某个哪些基因在通路中什么位置参与了该通路的发生。（图2、3、4）
如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？-1
图2
如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？-2
图3
如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？-3
图4

上面的结果有助于我们找出要研究的通路，若是富集到的通路较多，一个一个找太费劲，我们可以在直接搜索自己感兴趣的某些通路的关键词来寻找。我们可以最显著的前两个通路为例来进行下一步分析。自定义热图展示了参与这两个通路的基因在各个样品的表达情况。PPI模型图中一般圆圈较大且连线较多的点需要我们重点关注。（图5、6）

如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？-4
图5
如何使用KEGG进行pathway分析和模型构建？-5
图6
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1楼 2017-05-16 17:43:11
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omicsbean

新虫 (初入文坛)
2楼2017-05-17 13:31:20
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laop_530

新虫 (小有名气)
你是什么数据？

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3楼2017-05-18 11:44:46
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人
默默关注楼主

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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
4楼2017-05-18 13:03:59
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Anew365

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看到比较多的这方面的研究，不太了解，慢慢从各方面学习，小木是一个途径

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5楼2017-05-19 10:26:48
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omicsbean

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by laop_530 at 2017-05-18 11:44:46
你是什么数据？

转录组，蛋白组，代谢组，miRNA都可以
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6楼2017-05-19 16:40:21
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maggiewole

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
问一下楼主，这里面有没有数学知识呢？

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7楼2017-05-21 17:44:57
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sunshinewfu

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教一个问题，p值来自超级何检验，经过-log10转换，那么显著富集的卡值应该是多少呢？

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8楼2017-05-21 20:06:48
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omicsbean

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sunshinewfu at 2017-05-21 20:06:48
请教一个问题，p值来自超级何检验，经过-log10转换，那么显著富集的卡值应该是多少呢？

0.05
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sunshinewfu
9楼2017-05-27 16:57:29
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sunshinewfu

新虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
9楼: Originally posted by omicsbean at 2017-05-27 16:57:29
0.05...

我的意思是，p值为0.05时，那么，经过－log10的转化后，是1.3……吗？

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10楼2017-05-27 22:05:11
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