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小样儿bb

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何在NCBI上确定菌属? 已有1人参与

筛选得到一株菌,16srDNA测序后在NCBI序列对比,得到很多相似性99%的菌属,但是构建进化树时,同源性特别低,应该怎么办呢?

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小蓝僧

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先用软件打开你的测序结果,比如chromas lite或者bioedit,去除2端测序质量低的序列,然后用ezbiocloud网站进行比对,这里面都是比较准确的模式种,不像NCBI里面的序列太多太杂。照我说的做,应该对你有帮助?

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2楼2017-05-16 17:46:48
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

3楼2017-05-17 02:24:20
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憬翚

金虫 (初入文坛)

草履虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蓝僧 at 2017-05-16 17:46:48
首先用软件打开你的测序结果,比如chromas lite或者bioedit,去除2端测序质量低的序列,然后用ezbiocloud网站进行比对,这里面都是比较准确的模式种,不像NCBI里面的序列太多太杂。照我说的做,应该对你有帮助?
...

请问在EZ上如何比对,本人也是做放线菌的,一直在NCBI比对,感觉效果不太好,麻烦大神有没有相应的教程可供参考的?谢谢了!

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4楼2017-05-18 08:24:31
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