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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » MS做分子动力学模拟的问题
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yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] MS做分子动力学模拟的问题

各位虫友，我想用MS中的discover模块做分子动力学模拟。有一系列的问题想请教。

1、我是模拟溶液，请问怎么样做一个包含溶质和溶剂的盒子？

2、怎么设置边界条件？

先谢谢各位
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1楼 2009-01-08 22:09:37
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):xiexie
这个用amorphous cell就行了
ps：MS不大适合用来做溶液体系
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2楼2009-01-08 22:22:05
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
谢谢楼上的回答

请问amorphous cell怎么建立盒子和设定边界条件，能详细的指导一下吗？

我看HELP文档里面建立无定型聚合物时，library里面没有我需要的。
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3楼2009-01-09 18:09:59
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):xiexie
construction,把溶质和溶剂都加进去就行了，需要给出初始混合密度
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4楼2009-01-09 18:53:13
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
谢谢

请问哪里可以设置边界条件？

盒子建立好了以后需要先做minimize吗？还是可以直接做dynamics？
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5楼2009-01-09 19:36:13
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thank you very much!
看见construction时后abc的值了么？，那就是盒子大小
ms会自动minimize，不过有时候可能达不到要求，还需要自己再做才能dynamic
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6楼2009-01-09 22:20:50
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
感谢版主
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7楼2009-01-10 09:28:13
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