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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)

[求助] VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题 已有1人参与

服务器共12个节点,vasp版本4.6,原来从没遇到这种问题:
如下图为后台提交任务的脚本,当nodes=1时,只会出现任务编号,立马停止,不会往下计算;当nodes=2时,可正常后台提交任务,正常运算;当nodes=3时,也可正常后台提交,正常运算。
可以确定硬件没有问题,是PBS系统还是哪里的问题,请大神指点

VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题
server.jpg
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y.q.liu

金虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果是1个节点不能算,多个就能算,有可能是一个节点的内存不够;另外INCAR输入参数也可能有影响
建议贴出错误信息和INCAR文件。
2楼2017-05-15 09:54:56
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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by y.q.liu at 2017-05-15 09:54:56
如果是1个节点不能算,多个就能算,有可能是一个节点的内存不够;另外INCAR输入参数也可能有影响
建议贴出错误信息和INCAR文件。

出错信息就是上面描述的,OUTCAR和vasp.log没有写入。
内存不够的问题也可以排除,因为同样的任务之前用一个节点可正常计算,而且任务不大,只有几个原子。
下图是INCAR和各节点的数据量,是不是因为node1没有空间的原因?
VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题-1
INCAR.jpg


VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题-2
server1.jpg

3楼2017-05-15 11:59:19
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y.q.liu

金虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by chinasunny08 at 2017-05-15 11:59:19
出错信息就是上面描述的,OUTCAR和vasp.log没有写入。
内存不够的问题也可以排除,因为同样的任务之前用一个节点可正常计算,而且任务不大,只有几个原子。
下图是INCAR和各节点的数据量,是不是因为node1没有空 ...

先解决存储空间再试下。除了/data/node1其它接近100%的顺便也处理下。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-05-16 09:03:13
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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by y.q.liu at 2017-05-16 09:03:13
先解决存储空间再试下。除了/data/node1其它接近100%的顺便也处理下。...

搞了好久,还是不清楚怎么清理分节点下的数据
Redhat系统和PBS作业调度
5楼2017-05-16 15:30:25
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