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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题
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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)

[求助] VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题 已有1人参与

服务器共12个节点，vasp版本4.6，原来从没遇到这种问题：
如下图为后台提交任务的脚本，当nodes=1时，只会出现任务编号，立马停止，不会往下计算；当nodes=2时，可正常后台提交任务，正常运算；当nodes=3时，也可正常后台提交，正常运算。
可以确定硬件没有问题，是PBS系统还是哪里的问题，请大神指点

VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题
server.jpg
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1楼 2017-05-13 23:02:42
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y.q.liu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果是1个节点不能算，多个就能算，有可能是一个节点的内存不够；另外INCAR输入参数也可能有影响
建议贴出错误信息和INCAR文件。
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2楼2017-05-15 09:54:56
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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by y.q.liu at 2017-05-15 09:54:56
如果是1个节点不能算，多个就能算，有可能是一个节点的内存不够；另外INCAR输入参数也可能有影响
建议贴出错误信息和INCAR文件。

出错信息就是上面描述的，OUTCAR和vasp.log没有写入。
内存不够的问题也可以排除，因为同样的任务之前用一个节点可正常计算，而且任务不大，只有几个原子。
下图是INCAR和各节点的数据量，是不是因为node1没有空间的原因？
VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题-1
INCAR.jpg


VASP后台提交任务出现一个奇怪的问题-2
server1.jpg
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3楼2017-05-15 11:59:19
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y.q.liu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by chinasunny08 at 2017-05-15 11:59:19
出错信息就是上面描述的，OUTCAR和vasp.log没有写入。
内存不够的问题也可以排除，因为同样的任务之前用一个节点可正常计算，而且任务不大，只有几个原子。
下图是INCAR和各节点的数据量，是不是因为node1没有空 ...

先解决存储空间再试下。除了/data/node1其它接近100%的顺便也处理下。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chinasunny08
4楼2017-05-16 09:03:13
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chinasunny08

至尊木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by y.q.liu at 2017-05-16 09:03:13
先解决存储空间再试下。除了/data/node1其它接近100%的顺便也处理下。...

搞了好久，还是不清楚怎么清理分节点下的数据
Redhat系统和PBS作业调度
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5楼2017-05-16 15:30:25
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