| 查看: 6914 | 回复: 0 | |||
[交流]
GEO多套数据如何合并进行分析？（之一）
|
|
GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数据，而且还可以免费下载数据库中和自己研究方向类似甚至相同的数据来进行分析，为自己的研究提供一些启示或者验证。在这里不禁可以对数据进行二次分析找到和原文不同的研究方向构建模型，还可以横向拓展自己的实验，增加发表文章的档次。那么多套数据怎么合并并进行分析呢？这里分享下我个人的一些分析方法和大家探讨，有不合适的地方欢迎批评指正，共同学习。 1.GEO数据的下载：要选择相同研究内容的数据；最好是同一个芯片平台；soft文件。 2.将下载的soft压缩文件上传至omicsbean（http://www.omicsbean.cn），用其中的一个工具GEO2Matrix转换一下，并将转换之后的文件下载。 3.取转换后的文件中的基因名和相对表达值新建一个矩阵文件。这个时候要注意不同套数据的情况，看是否有经过log转换，我的看法是若都没经过log变换，取需要的数据合并就可以。若是都有，可经log变换之后再合并。 4.将合并之后的矩阵表达文件和分组文件上传至omicsbean（http://www.omicsbean.cn），经过质控（归一化、PCA、Cluster）并将变化差异较大的列删除后进行差异筛选。 5.对筛选出来的差异基因座功能富集分析。  图片1.png |
回复此楼» 猜你喜欢
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
25
