24小时热门版块排行榜    

查看: 2771  |  回复: 3

晨晨666

新虫 (小有名气)

[求助] 用Ms画结构时,原子的坐标是怎么得到的呢? 已有1人参与

很多人说查数据库,我想知道数据库里面的数据是怎么得到的呢,用什么方法可以测得,或者计算得到的?

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiagle

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
冰点降温: 金币+1, 谢谢专家解答,辛苦了。 2017-05-08 09:15:12
晨晨666(冰点降温代发): 金币+3 2017-05-08 09:15:18
原子坐标来自晶体结构数据,常用数据库为Findit。
2楼2017-05-07 12:50:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晨晨666

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiagle at 2017-05-07 12:50:09
原子坐标来自晶体结构数据,常用数据库为Findit。

这些数据库里面的数据是怎样得到的呢?

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-07 13:02:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiagle

专家顾问 (知名作家)

★ ★ ★
冰点降温: 金币+1, 谢谢专家解答,辛苦了。 2017-05-08 09:15:36
晨晨666(冰点降温代发): 金币+2 2017-05-08 09:15:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by 晨晨666 at 2017-05-07 13:02:33
这些数据库里面的数据是怎样得到的呢?
...

自己去看如下例子,不相信你还看不明白:
*data for   ICSD #59253
CopyRight   ?2006 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
            Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
Coll Code   59253
Rec  Date   1999/01/19
Chem Name   Dibarium Magnesium Bis(phosphate(V))
Structured  Ba2 Mg (P O4)2
Sum         Ba2 Mg1 O8 P2
ANX         AB2C2X8
D(calc)     4.3
Title       Dibarium magnesium phosphate
Author(s)   Lucas, F.;Wallez, G.;Jaulmes, S.;Elfakir, A.;Quarton, M.
Reference   Acta Crystallographica C (39,1983-)
            (1997), 53, 1741-1743
Unit Cell   5.294(4) 8.837(4) 16.1430(80) 90. 90.60(5) 90.
Vol         755.18
Z           4
Space Group P 1 21/n 1
SG Number   14
Cryst Sys   monoclinic
Pearson     mP52
Wyckoff     e13
R Value     .033
Red Cell    P  5.294 8.837 16.143 90 90.6 90 755.178
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    Calculated density unusual but tolerable.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ba   1  +2    4 e   0.29325(2)  0.29665(2)  -.019510(8)    1.         0   
Ba   2  +2    4 e   0.74591(2)  0.84330(2)  0.271420(8)    1.         0   
Mg   1  +2    4 e   0.2719(1)   0.48431(9)  0.36579(5)     1.         0   
P    1  +5    4 e   0.7358(1)   0.58814(7)  0.42233(4)     1.         0   
P    2  +5    4 e   0.2498(1)   0.60831(7)  0.16649(4)     1.         0   
O    1  -2    4 e   0.7863(3)   0.5834(2)   0.5147(1)      1.         0   
O    2  -2    4 e   0.5262(3)   0.6984(2)   0.4017(1)      1.         0   
O    3  -2    4 e   0.6516(3)   0.4346(2)   0.3874(1)      1.         0   
O    4  -2    4 e   0.9793(2)   0.6366(2)   0.37662(9)     1.         0   
O    5  -2    4 e   0.3457(3)   0.5296(2)   0.2440(1)      1.         0   
O    6  -2    4 e   0.3570(3)   0.5261(2)   0.0922(1)      1.         0   
O    7  -2    4 e   0.3524(3)   0.7720(2)   0.1676(1)      1.         0   
O    8  -2    4 e   -.0429(3)   0.6108(2)   0.1662(1)      1.         0   
Lbl  Type      U11         U22         U33         U12         U13         U23
Ba1  Ba2+ 0.01425(8)  0.01373(8)  0.00929(8)  -.00203(5)  0.00097(5)  -.00069(5)  
Ba2  Ba2+ 0.01609(8)  0.01327(9)  0.00888(8)  0.00000(5)  0.00043(5)  0.00160(5)  
Mg1  Mg2+ 0.0104(4)   0.0151(4)   0.0112(4)   0.0012(3)   -.0009(3)   0.0001(4)   
P1   P5+  0.0095(3)   0.0119(3)   0.0100(3)   -.0002(2)   0.0017(2)   0.0000(3)   
P2   P5+  0.0133(3)   0.0099(3)   0.0080(3)   -.0007(3)   0.0007(3)   0.0011(3)   
O1   O2-  0.0236(9)   0.043(2)    0.0088(9)   -.0048(8)   0.0029(7)   0.0027(9)   
O2   O2-  0.0182(8)   0.0199(9)   0.019(1)    0.0096(7)   0.0052(7)   0.0038(8)   
O3   O2-  0.0128(8)   0.0082(8)   0.0153(8)   0.0003(6)   -.0001(6)   0.0006(7)   
O4   O2-  0.0062(8)   0.0221(9)   0.0125(9)   0.0008(6)   0.0030(6)   0.0026(7)   
O5   O2-  0.0169(8)   0.029(1)    0.0198(9)   0.0117(8)   -.0005(7)   0.0052(8)   
O6   O2-  0.036(1)    0.018(1)    0.0185(9)   -.0139(8)   0.0151(8)   -.0092(8)   
O7   O2-  0.0171(8)   0.0097(9)   0.023(1)    -.0027(7)   -.0048(7)   -.0017(7)   
O8   O2-  0.0138(8)   0.022(1)    0.021(1)    -.0026(7)   -.0015(7)   0.0062(8)   
*end for    ICSD #59253
4楼2017-05-07 13:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 晨晨666 的主题更新
信息提示
请填处理意见