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昆玉

新虫 (初入文坛)

[交流] 转录组无参 已有7人参与

亲，有谁做转录组无参测序的？交流讨论一下

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1楼 2017-05-06 09:07:04
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随然居士

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
自己组装一个就行了吧

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3楼2017-05-06 22:49:53
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
具体想交流哪方面呢？
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2楼2017-05-06 15:45:37
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yangzongying

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-05-06 15:45:37
具体想交流哪方面呢？

你好，我想问一下，我最近做了转录组分析，试验组和对照组分别是3个重复，在做raw reads，clean reads 那些参数表格的时候，我是把每个试验组都列出来还是只列平均值，都列出来的话，表格好长，不知道应该怎么做合适？
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4楼2017-05-07 12:28:21
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yangzongying

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 随然居士 at 2017-05-06 22:49:53
自己组装一个就行了吧

你好，我想问一下，我最近做了转录组分析，试验组和对照组分别是3个重复，在做raw reads，clean reads 那些参数表格的时候，我是把每个试验组都列出来还是只列平均值，都列出来的话，表格好长，不知道应该怎么做合适？
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5楼2017-05-07 12:31:32
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昆玉

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-05-06 15:45:37
具体想交流哪方面呢？

无参做qPCR验证时，是不是要自己设计引物啊？我有unigene 的基因序列，怎么知道它是什么基因呢，怎么知道它的基因名字呢，虽然有在nr数据库中有注释，但是不知道基因名字啊？

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6楼2017-05-12 09:48:50
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kanqi123

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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5楼: Originally posted by yangzongying at 2017-05-07 12:31:32
你好，我想问一下，我最近做了转录组分析，试验组和对照组分别是3个重复，在做raw reads，clean reads 那些参数表格的时候，我是把每个试验组都列出来还是只列平均值，都列出来的话，表格好长，不知道应该怎么做合 ...

你的无参转录组是自己做的还是跟别的公司合作的啊？
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7楼2017-05-12 15:06:09
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kanqi123

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by 昆玉 at 2017-05-12 09:48:50
无参做qPCR验证时，是不是要自己设计引物啊？我有unigene 的基因序列，怎么知道它是什么基因呢，怎么知道它的基因名字呢，虽然有在nr数据库中有注释，但是不知道基因名字啊？
...

知道序列的话，在NCBI里面blast以下就可以知道是什么基因里面的啊
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8楼2017-05-12 15:06:58
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昆玉

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by kanqi123 at 2017-05-12 15:06:09
你的无参转录组是自己做的还是跟别的公司合作的啊？...

跟公司合作的

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9楼2017-05-13 09:19:15
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昆玉

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by kanqi123 at 2017-05-12 15:06:58
知道序列的话，在NCBI里面blast以下就可以知道是什么基因里面的啊...

blast一下能知道他的基因名字吗

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10楼2017-05-13 09:20:17
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