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huangyc

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】是NEB还是VASP编译出问题了?

我编译通过的VASP植入了一些tools,用来做诸如climbing-NEB等。但发现用新编的VASP做regular-NEB时会出现如下错误:(out文件)
vasp.4.6.21  23Feb03 complex
vasp.4.6.21  23Feb03 complex
vasp.4.6.21  23Feb03 complex
vasp.4.6.21  23Feb03 complex
ERROR: the following files does not exist POSCAR
ERROR: the following files does not exist POSCAR
ERROR: the following files does not exist POSCAR
ERROR: the following files does not exist POSCAR
但可以做吸附,不过感觉时间要比以前长!

同样的任务,如果用普通编译的VASP(/bin)regular-NEB正常结束,且吸附任务要快!

不知道是什么原因,不知各位是否遇到过?是NEB的问题还是编译VASP中出现的问题,谢谢。新年快乐

[ Last edited by mingdong on 2009-12-9 at 08:34 ]
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hakuna

木虫 (知名作家)

★ ★
mingdong(金币+2):O(∩_∩)O谢谢! 2-2 14:48
1.NEB需要并行编译
2.Henkelmann的模块只要按说明编进去并按说明设定一些开关参数,使用应没问题,建议检查一下你的参数设置。
3.中间各IMAGE的POSCAR是否给了?如果你做过NEB,似乎不应该是这个问题。
4.加入HENKELMANN的模块应该不会明显影响其他计算速度,比较吸附结构优化快慢要在相同条件下进行。
2楼2009-02-01 18:59:34
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huangyc

木虫 (正式写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 2-27 21:21
谢谢hakuna。这个问题当时是由于编译出来的是串行的VASP,所以不能用NEB,当然吸附作业也很慢。
后来我编通了加入HENKELMANN模块的VASP,但是我用DIMER试着计算H在Ir表面的吸附时结果与其给出的结果差异很大!
This is my DIMCAR:
Step Force Torque Energy Curvature Angle
1 6.00303 62.54346 -43.65348 -4.35175 51.96997
1 6.00303 29.66141 -43.65348 -30.30397 28.72234
1 6.00303 43.47671 -43.65348 -29.62354 22.03665
1 6.00303 43.95336 -43.65348 -36.35973 32.77807
2 5.96294 62.10673 -42.93899 7.41361 47.81462
2 5.96294 41.27629 -42.93899 -0.21401 50.02325
2 5.96294 52.04768 -42.93899 -15.22481 63.97874
2 5.96294 30.37417 -42.93899 -45.71445 47.09034
3 9.29362 50.33743 -42.11095 -39.44532 39.66616
3 9.29362 49.35017 -42.11095 -46.38845 15.85466
3 9.29362 37.96595 -42.11095 -19.45687 16.87820
3 9.29362 63.88947 -42.11095 -9.39955 29.57697
4 6.63616 55.00641 -42.72418 -13.63088 49.31484
4 6.63616 47.34260 -42.72418 -20.79042 53.31710
4 6.63616 44.61408 -42.72418 -7.00383 36.38111
4 6.63616 52.42354 -42.72418 -29.27678 40.73667
5 6.12472 58.14640 -42.90530 16.37393 49.95035
5 6.12472 27.44705 -42.90530 -39.67825 45.06249
5 6.12472 28.63904 -42.90530 -46.47566 43.13384
5 6.12472 37.36798 -42.90530 -35.21709 28.73560
6 8.41172 85.36661 -42.25029 54.46575 51.26931
6 8.41172 53.50163 -42.25029 9.50417 51.54881
6 8.41172 39.19520 -42.25029 -17.23088 55.37392
6 8.41172 15.99630 -42.25029 -2.68529 37.49634
7 7.06283 82.18965 -42.79868 -46.79451 43.00328
7 7.06283 19.18125 -42.79868 -43.55311 10.04628
7 7.06283 25.02933 -42.79868 -65.14327 18.95049
7 7.06283 25.48192 -42.79868 -38.12766 8.81324
8 5.14574 24.66614 -43.19446 34.59774 53.52603
8 5.14574 41.57356 -43.19446 -26.00020 45.50149
8 5.14574 18.81300 -43.19446 -42.94956 44.32579
( I killed it)
This is DIMCAR from VASP tools' website
Step Force Torque Energy Curvature Angle
1 3.26055 1.42551 -38.08043 -3.67928 7.32459
1 3.26055 0.47200 -38.08043 -3.89665 0.48560
2 0.65134 0.32662 -38.17792 -2.88463 1.05846
3 0.18678 0.22588 -38.19421 -2.88144 0.23646
4 0.20597 0.11406 -38.19315 -2.82977 0.14029
5 0.02071 0.58961 -38.19131 -3.08022 0.61217
6 0.01329 0.06599 -38.19131 -3.05717 0.14982
7 0.00990 0.11718 -38.19130 -3.07347 0.26844
8 0.00208 0.11183 -38.19130 -3.04074 0.14479
真诚希望与你交流,谢谢

[ Last edited by huangyc on 2009-2-15 at 15:09 ]
3楼2009-02-15 15:08:20
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hakuna

木虫 (知名作家)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 2-27 21:21
DIMER 是用来找saddle point,不是做一般优化的....
如果你要找TS,建议用CNEB,比VASP里自带的NEB要好些,只是个人感受.....
4楼2009-02-16 09:55:52
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spur

金虫 (正式写手)

请教hakuna, DIMER从初始结构出发寻找到的saddle point是否可靠?
跟climbing NEB找到的saddle point是否具有可比性?
5楼2009-02-18 14:42:50
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hakuna

木虫 (知名作家)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 2-27 21:22
没有做过全面的比较,不好说,建议还是用CNEB吧.....
个人觉得还是绳子串起来的方法牢靠些^-^
但不管什么方法,都要做频率验证的
6楼2009-02-18 17:17:48
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