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LAMMPS纳米压痕模拟
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列位大神，我是分子动力学模拟小白。最近想用LAMMPS模拟纳米压痕过程，把LAMMPS自带的in.indent文件修改了一下到三维情况，以下是我的输入文件： # 2d indenter simulation dimension 3 boundary p s p atom_style atomic neighbor 5.6 bin neigh_modify delay 5 # create geometry lattice fcc 1 #定义一个region，名为box，类型为block,后面的边界坐标 region box block 0 5 0 5 -2.5 2.5 #在region之上创建一个模拟盒子，2为模拟中用到的分子种类， #box为上面定义的region的名字 create_box 2 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 mass 2 1.0 # LJ potentials pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 # define groups region 1 block INF INF INF 0.5 INF INF group lower region 1 group mobile subtract all lower set group lower type 2 # initial velocities compute new mobile temp velocity mobile create 0.2 482748 temp new fix 1 all nve fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 all temp/rescale 100 0.1 0.1 0.01 1.0 # run with indenter timestep 0.003 variable k equal 1000.0/xlat variable y equal "-13.0*ylat + step*dt*0.02*ylat" fix 4 all indent $k sphere 2.5 v_y 0 0.5 thermo 1000 thermo_modify temp new dump 1 all atom 250 dump.indent dump 2 all image 1000 image.*.jpg type type & zoom 1.6 adiam 1.5 dump_modify 2 pad 5 dump 3 all movie 1000 movie.mpg type type & zoom 1.6 adiam 1.5 dump_modify 3 pad 5 run 30000 # run without indenter unfix 4 run 30000 可以运行，但是结果不正确。计算一开始完全看不出有压下过程，然后原子的顺序就突然变乱了。。。如下图： 求教！！！  10000.jpg  30000.jpg  31000.jpg |
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