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[求助]
求助，关于read count和FPKM的问题
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我的流程基本参照nature protocol的hisat2+stringtie+ballgown 问题出现在stringtie最后给ballgown输出的文件中，e_data中显示某个exon有很多的read counts，但是在t_data中相应的transcripts的FPKM却为0 我检查过annotation和stringtie拼接的完整转录本，这个exon以及transcript的起始终止位点并没有不一致，所以我完全想不通，求指点，谢谢！ |
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