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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 帮忙看看我的脉冲长凝胶电泳
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

[交流] 帮忙看看我的脉冲长凝胶电泳

再做大肠杆菌的紫外损伤，在其形成嘧啶二聚体后用T4DNA内切酶V切割，可形成单链nick，想用脉冲场电泳分析辐照前后基因组由于酶切造成构型不同从而呈现的差异，但问题是脉冲电泳做了好几次，都发现只在凝胶最下面有一团。今天用普通琼脂糖电泳跑了一下，还是得到相似的结果。（见附件：第一幅为脉冲电泳结果，第二幅为普通电泳结果）
问题如下：
1.环状的基因组和由于酶切造成的ocDNA通过脉冲场能找出差异吗？有没有哪位做过？开始怀疑实验的设计了。
2.按理说不加脉冲的话用普通琼脂糖电泳是不可能跑大肠杆菌基因组的，因为4M大小的分子不可能挤过凝胶孔隙。那为什么从扫胶结果看反而跑在了200bp大小的位置？
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1楼 2009-01-05 22:26:31
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
xuehu2008(金币+1):谢谢参与
200bp是RNA吧？你的DNA量好少啊感觉，你是用的包埋裂解提取的还是直接提取菌体DNA的啊？

[ Last edited by brightfuture01 on 2009-1-6 at 00:18 ]
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-01-06 00:14:30
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kinglong09

木虫 (小有名气)
★
xuehu2008(金币+1):谢谢参与
我也觉得像是RNA，DNA量好少，而且像是质粒DNA，不像基因组DNA
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3楼2009-01-06 08:21:40
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)
我是用TIANGEN基因组提取试剂盒直接提取的菌体基因组啊。
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4楼2009-01-06 11:11:20
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)
★
xuehu2008(金币+1):谢谢参与
先用RNA酶消化验证一下吧。还有一个就是你T4可能根本没有切开你的基因组
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5楼2009-01-06 15:39:09
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