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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 求助！关于Au将5d轨道电子考虑成芯电子
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785524519

金虫 (正式写手)

[求助] 求助！关于Au将5d轨道电子考虑成芯电子

小木虫的各位虫有麻烦过来看一下！比较重要的问题！！！！
       请问各位虫友，计算Au时siesta的SZP默认选5d10 6s1 6p轨道，如果将d考虑为芯电子，计算只算s p轨道 将要如何在fdf写自己的轨道？并且修改Au的赝势psf文件？
      如果有这样的赝势能否不吝提供下。对于修改赝势和自己写价电子轨道小弟并没有写过，比较迷茫。
      感谢大家！！！
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Everything is going on,but don't give up trying.
1楼 2017-04-12 18:53:35
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
785524519(蛋蛋小童鞋代发): 金币+30, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-04-13 18:29:30
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-04-13 18:29:39
修改芯电子的定义并非在fdf，而是生成psf的时候给定的参数，而非直接简单修改psf。生成psf你可以使用ATOM（https://departments.icmab.es/lee ... Code/downloads.html）或者APE。

赝势参数的变化会导致赝原子轨道形状发生变化，原来的赝原子基组不再是最优选择，原则上应该重新优化基组，在fdf有专门的block来自定义基组，但具体细节我不是很清楚。我个人目测不考虑d半芯态可能结果会不好。
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785524519
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2017-04-12 19:55:03
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785524519

金虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-04-12 19:55:03
修改芯电子的定义并非在fdf，而是生成psf的时候给定的参数，而非直接简单修改psf。生成psf你可以使用ATOM（https://departments.icmab.es/leem/siesta/Pseudopotentials/Code/downloads.html）或者APE。

赝势参数 ...

请问您能具体分享一个例子吗关于ATOM生成赝势的，或者是否有操作过金得到修改赝势。感谢您的回复，点下应助回复，不然给不到金币
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3楼2017-04-12 22:08:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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3楼: Originally posted by 785524519 at 2017-04-12 22:08:56
请问您能具体分享一个例子吗关于ATOM生成赝势的，或者是否有操作过金得到修改赝势。感谢您的回复，点下应助回复，不然给不到金币...

ATOM下的Tutorials里面有例子，你可以研究一下。
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785524519
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2017-04-12 22:18:04
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785524519

金虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-04-12 22:18:04
ATOM下的Tutorials里面有例子，你可以研究一下。...

感谢您的帮助
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5楼2017-04-12 22:28:51
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785524519

金虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-04-12 22:18:04
ATOM下的Tutorials里面有例子，你可以研究一下。...

请问按材料中说的，即使将Zn的3d轨道的电子考虑成芯电子，结果和轨道4s上价电子耦合强烈，体现出的还是价电子的性质？那要怎么理解硬赝势和软赝势呢？我是想只算Au 的5s 6p 定性分析下 这样是不是得到数据很不准确？麻烦再指点一下
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6楼2017-04-13 21:08:09
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785524519

金虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-04-12 22:18:04
ATOM下的Tutorials里面有例子，你可以研究一下。...

这个是ATOM中的描述
求助！关于Au将5d轨道电子考虑成芯电子
Zi.png
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7楼2017-04-13 21:10:23
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
6楼: Originally posted by 785524519 at 2017-04-13 21:08:09
请问按材料中说的，即使将Zn的3d轨道的电子考虑成芯电子，结果和轨道4s上价电子耦合强烈，体现出的还是价电子的性质？那要怎么理解硬赝势和软赝势呢？我是想只算Au 的5s 6p 定性分析下 这样是不是得到数据很不准确 ...

我认为这些其实要看具体计算的体系，如果你有办法证明的体系完全不涉及到芯电子，当然不考虑芯电子也行。但原则上为了生成赝势为了移植性好（能够适应不同的化学环境——价态或是说组态），还是会考虑半芯态的，所以大部分赝势确实都这么做了。反过来说，甚至只考虑d电子仍然不好，还要增设更多的芯电子作为参与计算的电子。这个问题你可以在生成赝势的时候对不同组态做一下check看看，也可以比较一下是否增设d半芯态的差异。
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8楼2017-04-13 21:43:21
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785524519

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-04-13 21:43:21
我认为这些其实要看具体计算的体系，如果你有办法证明的体系完全不涉及到芯电子，当然不考虑芯电子也行。但原则上为了生成赝势为了移植性好（能够适应不同的化学环境——价态或是说组态），还是会考虑半芯态的，所 ...

您好这边又有问题要请教您。是关于siesta得到的电荷密度分布的，目前只是定性分析所以建了一个21个原子，其中20个Au,Ni放在中间位置。然后计算得到的哈密顿量H画出电荷分布图。但是问题来了，计算的结果和siesta中mulliken电荷分部，Hirsh(手册中提到的分布)不一样！最主要的是左右两边的电荷密度不同。siesta中得到的左右两边原子带正电荷，但是按道理来说，左右两边是真空层没有东西，电荷会往最左右两边电荷移动.。想请问下siesta中得到的Mulliken分布难道不是按照体系的哈密顿量得出的吗？请问您有什么好的建议吗。十分感谢！下面是算的结果
求助！关于Au将5d轨道电子考虑成芯电子-1
Au20Ni1self.png


求助！关于Au将5d轨道电子考虑成芯电子-2
Au20Ni1Mulliken.jpg
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9楼2017-04-16 21:39:39
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