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znn19900505

铜虫 (小有名气)

[交流] CHIP实验咨询！ 已有1人参与

CHIP实验咨询！第一次做CHIP的实验，已经做完DNA Purification这一步，在跑Q-PCR之前，特地先用NanoDrop测了一下最后sample里面的DNA浓度，结果测出的DNA浓度很低 IP组第一次测才几ng/ul 又将Eluent加热到65度 重新洗脱了一下又测了两次都是300-400 ng/ul  但input组（control）测了几次都是几十ng/ul  而且260/280也很低 1.5左右！想问一下，CHIP实验最后的DNA浓度一般都是多少才可以跑qRT-PCR？得到的DNA浓度和纯度都很低很可能是哪些原因造成的？怎么避免这种情况？请做过的大神指教一下！谢谢，感激不尽！
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1楼 2017-04-11 10:09:34
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airbus320

禁虫 (小有名气)
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2楼2017-04-11 11:21:33
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znn19900505

铜虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 11:21:33
IP用的啥抗体？  一般到不了几百ng/ul。组蛋白抗体(不针对特别修饰的)一般才数十ng/ul。
Input也还正常。

一般不测浓度，毫无意义。 选用正对照区域做qPCR， 选择非结合区作为负对照。

您是做过这方面的实验吗？您说的：选用正对照区域做qPCR， 选择非结合区作为负对照。这个我不是很理解，请指点！
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3楼2017-04-11 14:50:38
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znn19900505

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 11:21:33
IP用的啥抗体？  一般到不了几百ng/ul。组蛋白抗体(不针对特别修饰的)一般才数十ng/ul。
Input也还正常。

一般不测浓度，毫无意义。 选用正对照区域做qPCR， 选择非结合区作为负对照。

H3K9me3的抗体 Abcam 8898
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4楼2017-04-11 14:52:01
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airbus320

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5楼2017-04-11 17:04:13
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airbus320

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6楼2017-04-11 17:09:15
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znn19900505

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:04:13
异染色质区，IP一般拉不下几百ng/ul DNA

我的这个属于异染色质？
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7楼2017-04-12 08:51:30
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znn19900505

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:09:15
在基因组上找确定有H3k9me3的区域，以及确定没有H3k9me3的区域 ，随后设计引物对，做qpcr
...

我要做sox2和oct4 已经按照参考文献的引物序列设计了 后面还有什么需要注意的吗？
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8楼2017-04-12 08:52:37
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znn19900505

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:04:13
异染色质区，IP一般拉不下几百ng/ul DNA

还有最想问的是：一般拉下来多少算比较正常？？？？？？？
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9楼2017-04-12 09:06:00
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