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znn19900505

铜虫 (小有名气)

[交流] CHIP实验咨询! 已有1人参与

CHIP实验咨询!第一次做CHIP的实验,已经做完DNA Purification这一步,在跑Q-PCR之前,特地先用NanoDrop测了一下最后sample里面的DNA浓度,结果测出的DNA浓度很低 IP组第一次测才几ng/ul 又将Eluent加热到65度 重新洗脱了一下又测了两次都是300-400 ng/ul  但input组(control)测了几次都是几十ng/ul  而且260/280也很低 1.5左右!想问一下,CHIP实验最后的DNA浓度一般都是多少才可以跑qRT-PCR?得到的DNA浓度和纯度都很低很可能是哪些原因造成的?怎么避免这种情况?请做过的大神指教一下!谢谢,感激不尽!
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airbus320

禁虫 (小有名气)


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2楼2017-04-11 11:21:33
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 11:21:33
IP用的啥抗体?  一般到不了几百ng/ul。组蛋白抗体(不针对特别修饰的)一般才数十ng/ul。
Input也还正常。

一般不测浓度,毫无意义。 选用正对照区域做qPCR, 选择非结合区作为负对照。

您是做过这方面的实验吗?您说的:选用正对照区域做qPCR, 选择非结合区作为负对照。这个我不是很理解,请指点!
3楼2017-04-11 14:50:38
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 11:21:33
IP用的啥抗体?  一般到不了几百ng/ul。组蛋白抗体(不针对特别修饰的)一般才数十ng/ul。
Input也还正常。

一般不测浓度,毫无意义。 选用正对照区域做qPCR, 选择非结合区作为负对照。

H3K9me3的抗体 Abcam 8898
4楼2017-04-11 14:52:01
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airbus320

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5楼2017-04-11 17:04:13
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airbus320

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6楼2017-04-11 17:09:15
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:04:13
异染色质区,IP一般拉不下几百ng/ul DNA

我的这个属于异染色质?
7楼2017-04-12 08:51:30
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:09:15
在基因组上找确定有H3k9me3的区域,以及确定没有H3k9me3的区域 ,随后设计引物对,做qpcr
...

我要做sox2和oct4 已经按照参考文献的引物序列设计了 后面还有什么需要注意的吗?
8楼2017-04-12 08:52:37
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by airbus320 at 2017-04-11 17:04:13
异染色质区,IP一般拉不下几百ng/ul DNA

还有最想问的是:一般拉下来多少算比较正常???????
9楼2017-04-12 09:06:00
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