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zhhgeren

铜虫 (初入文坛)

[求助] 高斯09的优化 已有2人参与

求助高斯09，我是新人一枚，现在想做简单的小分子优化再和蛋白进行dock，我在linux系统下优化，这是input文件，计算后一直出现Error termination via Lnk1e in /home/zhang/g09/l1.exe 错误，求助大神如何解决。优化后获得log文件，我该如何通过log文件获得优化后的小分子的pdb文件呢。谢谢大家
%chk=deltarasin.chk
# opt=tight b3lyp/6-31g(d,p) nosymm scf=qc pop=mk iop(6/33=2.6/42=6.6/50=1)

deltarasin

0 1
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        1.37600000   -3.11200000   -5.04800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        3.77400000   -3.52800000   -5.40000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        5.41000000   -2.72300000   -3.78500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.55700000    1.30300000    1.75000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.63100000    4.88200000   -0.49500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.60900000    1.16300000   -2.48600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -7.19200000   -1.79500000    5.77500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.44500000   -0.33200000    5.09600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -7.89100000    0.35600000    5.03900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -9.09900000   -0.90500000    4.63700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -8.68900000    0.66700000    2.71000000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.45400000    0.53000000   -0.88700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                      -10.13500000   -0.80700000   -2.01200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -6.93100000   -1.66600000    0.63500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                      -10.78500000    3.30500000   -1.31800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -6.80800000    3.55500000    1.56300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                      -10.09200000    5.43700000   -0.30500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        3.43500000   -2.97800000   -4.50600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.64200000    3.57800000   -2.56300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.69800000   -1.77300000    2.37400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        3.60000000   -0.75700000   -0.14300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.05400000   -2.04300000    4.73200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -1.76500000   -1.45800000   -2.66100000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -3.74900000   -0.71500000   -1.73700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.59200000    3.14800000    0.72700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.59900000    1.72200000   -1.53700000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)                        0.59100000   -1.75500000   -2.84500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)                        1.91800000   -1.06700000   -1.46100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.61400000    3.78000000   -0.45500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        4.33700000   -2.53300000   -3.61300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -7.97400000   -0.16500000    2.91500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -5.25900000    0.19500000    0.16000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -6.39100000    0.74500000    1.06100000
O(PDBName=O,ResName=,ResNum=1)                       -4.01200000    0.71600000    0.55700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -6.54000000    0.24700000    2.52700000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)                       -7.65500000    1.09700000    0.34400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -1.66400000   -0.88900000   -1.72100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -2.87200000    0.25900000   -0.05900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -9.48900000   -2.75900000   -1.85100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -7.73200000   -3.22600000   -0.44400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -2.82300000   -0.46100000   -1.19500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)                       -9.32800000    1.09100000   -0.83200000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -9.89200000    3.36000000   -0.67500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.06800000    2.30200000    0.35200000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.41800000    0.33800000   -0.35200000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                      -10.25900000   -3.09500000   -2.56600000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.06900000   -0.83600000    0.65100000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        4.71400000   -1.50300000   -1.80700000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        2.59200000    3.73000000    1.66400000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -4.49900000   -0.51000000    2.81500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -6.32600000    1.12300000    3.19800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -8.30500000   -1.04200000    2.31500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.17600000   -0.90900000    0.17900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -5.91400000    1.74600000    1.22800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                        0.36400000    0.30700000    0.57400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        3.95100000   -1.85800000   -2.51500000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -8.11600000    5.52700000    1.11700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.12300000   -2.75500000   -4.32100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.57300000    1.80600000    0.76900000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -1.65500000    1.04000000    1.47000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.61900000    3.06300000   -1.58800000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -8.72100000   -4.72300000   -1.58300000
H(PDBName=H,ResName=,ResNum=1)                       -7.04900000   -3.95000000    0.03300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.56900000    1.07200000   -0.35900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.54100000   -0.44300000   -0.27500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        1.74900000   -2.08200000   -3.22600000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        2.64100000   -1.64100000   -2.33300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                        0.67200000   -1.11600000   -1.74500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -5.55100000   -0.84600000    2.97100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -5.73100000   -1.20000000    4.45500000
N(PDBName=N,ResName=,ResNum=1)                       -7.10900000   -1.58400000    4.74900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.07100000   -0.54200000    4.40100000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -0.52400000    0.04300000   -0.00700000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -0.45900000   -0.65700000   -1.15500000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -1.67900000    0.47700000    0.52000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.64800000   -3.65500000   -1.32000000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -7.66400000   -1.92300000   -0.12900000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.47000000   -0.98300000   -0.65400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -9.39800000   -1.46100000   -1.51600000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -9.15700000    2.27000000   -0.42300000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -7.68700000    3.46300000    0.90800000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -8.41600000    4.56700000    0.66400000
C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1)                       -9.50700000    4.52000000   -0.11900000

Lig_ini.gesp

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1楼 2017-04-06 14:26:18
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
错误信息没有贴全  不过看起来应该是syntax error。
高斯的语法错误
这是直接从pbd文件直接拷过来用的么。。。
首先是iop部分 中间不应该用句号也就是 . 断开 而应该用逗号 ， 断开  
其次 这个高斯的坐标输入也不对要 删掉  所有的 (PDBName=C,ResName=,ResNum=1)
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-04-06 20:41:46
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普通回帖

zhhgeren

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2017-04-06 20:41:46
错误信息没有贴全  不过看起来应该是syntax error。
高斯的语法错误
这是直接从pbd文件直接拷过来用的么。。。
首先是iop部分 中间不应该用句号也就是 . 断开 而应该用逗号 ， 断开  
其次 这个高斯的坐标输入也 ...

谢谢大神，用逗号就可以计算了，问题解决了，用的gaussview编辑的输入文件，想求教下大神，我应该如何获得优化后的小分子pdb文件，计算后只有log文件和电荷文件，是从log文件里提取出坐标信息再用来生成pdb文件吗。我知道我丢人了。
赞一下 回复此楼
3楼2017-04-06 20:58:38
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhhgeren at 2017-04-06 20:58:38
谢谢大神，用逗号就可以计算了，问题解决了，用的gaussview编辑的输入文件，想求教下大神，我应该如何获得优化后的小分子pdb文件，计算后只有log文件和电荷文件，是从log文件里提取出坐标信息再用来生成pdb文件吗。 ...

OpenBabel可以转换log 到pdb 你可以试试。
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4楼2017-04-06 21:14:32
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zhhgeren

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2017-04-06 21:14:32
OpenBabel可以转换log 到pdb 你可以试试。...

嗯嗯，谢谢
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5楼2017-04-06 21:31:42
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Eva_dyj

新虫 (初入文坛)
求问高斯软件是否一定要通过购买才能使用？网上提供的破解版之类的软件可以计算么？
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6楼2017-04-12 09:20:48
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gqvssp408
7楼2017-08-18 07:02:56
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gqvssp408
8楼2017-08-19 05:22:33
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qkktey909
9楼2017-08-19 08:50:31
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gqvssp408
10楼2017-08-21 03:42:08
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