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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯qst2计算Helicene手性翻转过渡态（M-P）出错
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X教授

木虫 (著名写手)

[求助] 高斯qst2计算Helicene手性翻转过渡态（M-P）出错

最近在计算几个手性分子的镜面翻转过渡态遇到了点问题，由于是第一次计算过渡态不太熟悉解决办法，还请各位大神给予指导，输入文件如下：
%nprocshared=10
%mem=128GB
%chk=hc-6-M-P-ts.chk
#p opt=(maxcyc=300,calcfc,qst2,noeigen) rb3lyp/6-31g(d)

hc-6-M

0 1
C                  5.02570000    4.80940000    7.08210000
C                  5.22880000    3.47670000    7.36870000
C                  4.14240000    2.58710000    7.43170000
C                  2.88210000    3.03870000    7.15080000
C                  2.65270000    4.38940000    6.80800000
C                  1.35960000    4.81850000    6.35910000
C                  1.20760000    6.02850000    5.79180000
C                  2.28160000    6.97470000    5.75200000
C                  2.16180000    8.17670000    4.98900000
C                  3.21530000    9.00940000    4.86350000
C                  4.39300000    8.82010000    5.63850000
C                  5.51370000    9.68680000    5.49380000
C                  6.61760000    9.52800000    6.25760000
C                  6.60150000    8.63980000    7.37500000
C                  7.70760000    8.61200000    8.28820000
C                  7.62580000    7.94510000    9.45770000
C                  6.39110000    7.33720000    9.86420000
C                  6.24060000    6.85180000   11.18690000
C                  5.04390000    6.36360000   11.62650000
C                  3.93490000    6.35980000   10.75930000
C                  4.05980000    6.80530000    9.46020000
C                  5.29600000    7.28220000    8.95780000
C                  5.46110000    7.83850000    7.62320000
C                  4.45290000    7.75890000    6.58170000
C                  3.48630000    6.69630000    6.42980000
C                  3.73400000    5.31710000    6.81290000
H                  5.80080000    5.40540000    7.01470000
H                  6.15150000    3.08790000    7.51710000
H                  4.26660000    1.68310000    7.66890000
H                  2.16250000    2.45990000    7.18040000
H                  0.64290000    4.13010000    6.37970000
H                  0.35070000    6.29220000    5.35220000
H                  1.28580000    8.36380000    4.53230000
H                  3.17070000    9.82680000    4.29150000
H                  5.46470000   10.39640000    4.77480000
H                  7.39350000   10.04430000    6.15820000
H                  8.51860000    9.05250000    8.04050000
H                  8.41630000    7.94950000   10.09900000
H                  7.10120000    6.92660000   11.77550000
H                  4.92410000    6.00740000   12.55880000
H                  3.06110000    6.01000000   11.02890000
H                  3.27300000    6.81140000    8.89530000

hc-6-P

0 1
C                  5.02570000    4.80940000   -7.08210000
C                  5.22880000    3.47670000   -7.36870000
C                  4.14240000    2.58710000   -7.43170000
C                  2.88210000    3.03870000   -7.15080000
C                  2.65270000    4.38940000   -6.80800000
C                  1.35960000    4.81850000   -6.35910000
C                  1.20760000    6.02850000   -5.79180000
C                  2.28160000    6.97470000   -5.75200000
C                  2.16180000    8.17670000   -4.98900000
C                  3.21530000    9.00940000   -4.86350000
C                  4.39300000    8.82010000   -5.63850000
C                  5.51370000    9.68680000   -5.49380000
C                  6.61760000    9.52800000   -6.25760000
C                  6.60150000    8.63980000   -7.37500000
C                  7.70760000    8.61200000   -8.28820000
C                  7.62580000    7.94510000   -9.45770000
C                  6.39110000    7.33720000   -9.86420000
C                  6.24060000    6.85180000  -11.18690000
C                  5.04390000    6.36360000  -11.62650000
C                  3.93490000    6.35980000  -10.75930000
C                  4.05980000    6.80530000   -9.46020000
C                  5.29600000    7.28220000   -8.95780000
C                  5.46110000    7.83850000   -7.62320000
C                  4.45290000    7.75890000   -6.58170000
C                  3.48630000    6.69630000   -6.42980000
C                  3.73400000    5.31710000   -6.81290000
H                  5.80080000    5.40540000   -7.01470000
H                  6.15150000    3.08790000   -7.51710000
H                  4.26660000    1.68310000   -7.66890000
H                  2.16250000    2.45990000   -7.18040000
H                  0.64290000    4.13010000   -6.37970000
H                  0.35070000    6.29220000   -5.35220000
H                  1.28580000    8.36380000   -4.53230000
H                  3.17070000    9.82680000   -4.29150000
H                  5.46470000   10.39640000   -4.77480000
H                  7.39350000   10.04430000   -6.15820000
H                  8.51860000    9.05250000   -8.04050000
H                  8.41630000    7.94950000  -10.09900000
H                  7.10120000    6.92660000  -11.77550000
H                  4.92410000    6.00740000  -12.55880000
H                  3.06110000    6.01000000  -11.02890000
H                  3.27300000    6.81140000   -8.89530000
计算在l202处出错，log文件最后一段的内容是：
Small interatomic distances encountered:     42     1
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /home/optapps/g09/l202.exe at Fri Mar 31 00:26:48 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  7.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1
初始结构来自于单晶文件，就没有进行详细优化，直接输入的坐标，由于第一次尝试此类计算，所以不太清楚具体解决办法，还请各位大神提点一下，多谢。

高斯qst2计算Helicene手性翻转过渡态（M-P）出错
hc-6.jpg
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再累也会熬过去，再苦也能挺过来，也许，这就是所谓的人生吧
1楼 2017-03-31 18:02:54
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adhuyun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by X教授 at 2017-04-03 22:18:53
多谢回复，用qst3太麻烦了，主要室过渡态构型画起来麻烦，我现在加了个关键词geom=nocrowd，重新提交了目前还没问题。...

请问楼主最后算出来了吗
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4楼2020-02-19 00:11:38
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hfds496

铁虫 (初入文坛)
建议自己猜个过渡态构象用qst3。。。。这个应该是l202根据你的输入产生过渡态坐标时出错了，写的是原子间距过短。当然反应物和生成物的构象最好也还是优化一下

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X教授
2楼2017-04-02 20:10:31
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X教授

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hfds496 at 2017-04-02 13:10:31
建议自己猜个过渡态构象用qst3。。。。这个应该是l202根据你的输入产生过渡态坐标时出错了，写的是原子间距过短。当然反应物和生成物的构象最好也还是优化一下

多谢回复，用qst3太麻烦了，主要室过渡态构型画起来麻烦，我现在加了个关键词geom=nocrowd，重新提交了目前还没问题。
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再累也会熬过去，再苦也能挺过来，也许，这就是所谓的人生吧
3楼2017-04-03 22:18:53
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