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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 系统进化树的分析
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微生物1993

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统进化树的分析 已有1人参与

大家好，我是个菜鸟，初次接触系统进化树，我建立某个细菌的单基因的mega  NJ树，种水平的，其中好多置信度为0或者个位数，应该怎么解决呢？希望大家帮帮忙，谢谢！如果可以还希望可以教教如何分析遗传距离或者SNP

@天使托 发自小木虫Android客户端
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1楼 2017-03-30 23:10:59
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ziyuxinglan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你说的是Bootstrap值吗？就是树节点处的值，如果是这样你画树之前建一下模型，用建模结果中推荐的模型画，看看值会不会大一点
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你说....我说....都是废话........
2楼2017-07-07 21:00:43
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蘑菇小璐

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ziyuxinglan at 2017-07-07 21:00:43
你说的是Bootstrap值吗？就是树节点处的值，如果是这样你画树之前建一下模型，用建模结果中推荐的模型画，看看值会不会大一点

你好，请问我选的外群总是进到里面的分支里该怎么办？

发自小木虫IOS客户端
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3楼2018-04-15 22:41:41
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蘑菇小璐

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蘑菇小璐 at 2018-04-15 22:41:41
你好，请问我选的外群总是进到里面的分支里该怎么办？
...

我也是用的MEGA的NJ法做的

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4楼2018-04-15 22:42:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
4楼: Originally posted by 蘑菇小璐 at 2018-04-15 22:42:05
我也是用的MEGA的NJ法做的
...

你选的外类群是否合适？换一个其他物种试试，另外软件可以指定外类群的，可以将树的拓扑结构进行改变
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5楼2018-04-17 13:58:33
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
我觉得你的问题应该是用来构建系统树的序列之间相似度太好了，好比说强行让人将5胞胎（如果有的话）分开，还要求bootstrap值高，这本身就是很难的，如果你选择人，猩猩，鱼，鸡，狗等，肯定人和猩猩聚在一起了，而且bootstrap值也高。
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6楼2018-04-17 14:00:11
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