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pmf结果中怎么处理VDW和静电
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请问下面的每一步怎么做啊，实在是搞不懂，谢谢 看文章像是用adaptive biasing force (ABF)算的PMF。我查了一下，ABF方法的作者Chipot以前在NAMD mailing list 里回复了该怎样对结果进行处理来分解PMF，具体在这里 http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2009-2010/1566.html 他说 (1) loop over your trajectory and calculate the pair interactions that you are interested in, e.g. solute 1 and solute 2. (2) collect the forces at play, van der Waals and electrostatics. (3) project these forces onto your reaction coordinate, which for each configuration, should be determined independently. (4) average the projected forces. 翻译成中文大概就是 1. 读取轨迹文件，对于每一帧，计算粒子1和2之间相互作用力 2. 把1和2之间的相互作用力分解成vdw和静电两部分 3. 把计算的力投影到反应坐标上。这句话的实际意思是，你会把 反应坐标分成多个bin（比如在0到10之间，每隔0.1设一个bin），假如 你读取的这帧构型反应坐标为2.0， 就把vdw和静电力的数值放到2.0 这个bin里 4. 如此反复直到处理完这个轨迹，然后对每个bin里力的数值加和求平均，就得到 不同反应坐标值时的vdw和静电力 5. 再对这些vdw和静电力沿反应坐标积分，即得到两部分力对PMF的贡献。 我不清楚NAMD或者VMD里是否有现成的命令做这个，否则的话你得自己写个小程序来做这个。 |
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