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mine2mine金虫 (小有名气)
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[交流]
求助！！关于蛋白序列和转录组数据比对
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| 之前在实验室分到了一个蛋白，做了肽指纹图谱PMF，拿到了三个氨基酸序列，但是都不大，不到20 kD。我想拿到这个蛋白的全序列或者CDS序列。因为NCBI上有该物种的转录组数据库，因此我想用蛋白序列与NCBI里的SRA转录组数据进行tblastn比对。但是没有比对出结果。我想知道我的这个思路是否可行？没有结果是由哪些原因导致的？是氨基酸序列不够长还是MAlDI-MSMS做的这个PMF序列不太可信呢？还是其他原因？鉴于我的这种情况，有没有更好的方法来达到我的目的，拿到这个蛋白的氨基酸/基因序列？ |
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