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金天赐

木虫 (小有名气)

[求助] Dmol3中dynamic模拟失败

各位大神,前辈们来看看,我最近想用分子动力学看看结构的稳定性,之前没算过,于是找了一篇文章,照着它上面的设置做的,用的PBE,TNP,NVT,温度设的1000K,不过跑任务时发现温度上下波动太大,结构容易跑散掉,不稳定了,而文献上1000K是稳定的,1500K不稳定。是不是因为温度波动的原因,这种波动正常吗?结构是优化过的。
另外,初始结构和优化后的结构(假如AB),BB键一开始没成键,文献上是成键的,我调了band option,BB键就出现了,这样做对MD有影响吗?
有做过这方面的前辈或了解这一块的吗?望解答,感谢感谢!!!!!

Dmol3中dynamic模拟失败
dmol3-dynamic-T.JPG


Dmol3中dynamic模拟失败-1
dmol3-dynamic-E.JPG
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金天赐

木虫 (小有名气)

有什么好建议吗??
2楼2017-03-19 08:44:11
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

★ ★
franch: 金币+2, 鼓励交流 2017-03-26 07:02:13
温度波动是很正常的!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
3楼2017-03-19 12:04:38
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金天赐

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2017-03-19 12:04:38
温度波动是很正常的!

感谢指教,我知道了有波动正常,不过是不是波动太大了,有什么方法或设置能减小这种波动。1000K下结构稳定不了,和原文献不一样啊,在设置上还有什么要注意的?另外我用其他元素,相同的结构和MD设置又跑了一遍,这次温度就没有波动这么大,正负50度来回波动。
4楼2017-03-19 15:02:01
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金天赐

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2017-03-19 12:04:38
温度波动是很正常的!

怎么给金币啊,前辈这不是应助贴啊,没发给
5楼2017-03-20 10:54:23
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木木__Chen

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 金天赐 at 2017-03-19 08:44:11
有什么好建议吗??

楼主,我也是刚接触用DMol3跑分子动力学模拟。请教一下应该如何分析结果呢?或者楼主可否推荐几篇文献我看看呢
6楼2017-11-02 14:37:16
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