应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助超算计算过渡态
111/2返回列表12下一页
查看: 1643  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

goodllian

金虫 (小有名气)

[求助] 求助超算计算过渡态 已有1人参与

我想在超算上用MS的CASTEP模块计算过渡态，反应物的模型和生成物模型都已生成，并且配对完毕，但是不知道需要在超算上上传什么文件，我上传的*.cell和*.param,以及超算的导入文件runjob.lsf文件。但这个runjob.lsf文件的内容是之前计算几何优化和电子结构的，我也不知道合适不，就先用上，结果提交计算后立即就失败了，请教高手是什么问题，是提交文件不对的问题还是runjob.lsf文件的内容错误的问题。非常感谢，我会送您金币和红花的，望不吝赐教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-03-15 11:33:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
goodllian(蛋蛋小童鞋代发): 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-15 14:45:03
并没有用过castep和算过渡态，但是根据经验，原因之一可能是你的runjob.lsf有问题

通常的runjob.lsf是指定了core node计算。但是你在算neb的时候，是需要根据你image的个数选image个数的整数倍来设定node。所以你修改下node个数再试试呢？

当然，我也不确定这个建议是否有用。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

goodllian
计算顺利点吧
2楼2017-03-15 12:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goodllian

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-03-15 12:25:28
并没有用过castep和算过渡态，但是根据经验，原因之一可能是你的runjob.lsf有问题

通常的runjob.lsf是指定了core node计算。但是你在算neb的时候，是需要根据你image的个数选image个数的整数倍来设定node。所以你 ...

image是指反应物和生成物这种模型的个数？core node是指CPU的核心数吧
赞一下 回复此楼
3楼2017-03-15 15:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-15 15:04:59
image是指反应物和生成物这种模型的个数？core node是指CPU的核心数吧...

image是指反应物和生成物这种模型的个数
core 几个核
node 几个节点
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
4楼2017-03-16 10:20:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-03-16 10:20:10
image是指反应物和生成物这种模型的个数
core 几个核
node 几个节点...

我昨天已经试了，不行

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2017-03-16 10:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-16 10:24:55
我昨天已经试了，不行
...

那就不清楚了  祝好运
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
6楼2017-03-16 11:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯亚娟

金虫 (正式写手)
楼主能否介绍下MS的CASTEP模块计算过渡态的方法？或者是资料，可以发给我看一下吗？谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2017-03-16 11:17:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-03-16 11:17:55
楼主能否介绍下MS的CASTEP模块计算过渡态的方法？或者是资料，可以发给我看一下吗？谢谢

百度上很多，我就看的那个自己试的
赞一下 回复此楼
8楼2017-03-16 15:03:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯亚娟

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-16 15:03:50
百度上很多，我就看的那个自己试的...

谢谢，已找到~
回复此楼
9楼2017-03-16 15:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

势在必行

新虫 (初入文坛)
你好，问个基础的问题，CASTEP没频率分析，优化出的构型如何确定无虚频，以及过渡态结构无虚频？多谢！
赞一下 回复此楼
10楼2017-04-24 11:39:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 goodllian 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:29 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:49 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:47 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:47 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-30 01:03 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 00:41 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 00:31 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭