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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助超算计算过渡态
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goodllian

金虫 (小有名气)

[求助] 求助超算计算过渡态 已有1人参与

我想在超算上用MS的CASTEP模块计算过渡态，反应物的模型和生成物模型都已生成，并且配对完毕，但是不知道需要在超算上上传什么文件，我上传的*.cell和*.param,以及超算的导入文件runjob.lsf文件。但这个runjob.lsf文件的内容是之前计算几何优化和电子结构的，我也不知道合适不，就先用上，结果提交计算后立即就失败了，请教高手是什么问题，是提交文件不对的问题还是runjob.lsf文件的内容错误的问题。非常感谢，我会送您金币和红花的，望不吝赐教！
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1楼 2017-03-15 11:33:06
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
goodllian(蛋蛋小童鞋代发): 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-15 14:45:03
并没有用过castep和算过渡态，但是根据经验，原因之一可能是你的runjob.lsf有问题

通常的runjob.lsf是指定了core node计算。但是你在算neb的时候，是需要根据你image的个数选image个数的整数倍来设定node。所以你修改下node个数再试试呢？

当然，我也不确定这个建议是否有用。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

goodllian
计算顺利点吧
2楼2017-03-15 12:25:28
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goodllian

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-03-15 12:25:28
并没有用过castep和算过渡态，但是根据经验，原因之一可能是你的runjob.lsf有问题

通常的runjob.lsf是指定了core node计算。但是你在算neb的时候，是需要根据你image的个数选image个数的整数倍来设定node。所以你 ...

image是指反应物和生成物这种模型的个数？core node是指CPU的核心数吧
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3楼2017-03-15 15:04:59
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-15 15:04:59
image是指反应物和生成物这种模型的个数？core node是指CPU的核心数吧...

image是指反应物和生成物这种模型的个数
core 几个核
node 几个节点
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计算顺利点吧
4楼2017-03-16 10:20:10
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goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-03-16 10:20:10
image是指反应物和生成物这种模型的个数
core 几个核
node 几个节点...

我昨天已经试了，不行

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-03-16 10:24:55
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-16 10:24:55
我昨天已经试了，不行
...

那就不清楚了  祝好运
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计算顺利点吧
6楼2017-03-16 11:12:56
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冯亚娟

金虫 (正式写手)
楼主能否介绍下MS的CASTEP模块计算过渡态的方法？或者是资料，可以发给我看一下吗？谢谢
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7楼2017-03-16 11:17:55
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goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-03-16 11:17:55
楼主能否介绍下MS的CASTEP模块计算过渡态的方法？或者是资料，可以发给我看一下吗？谢谢

百度上很多，我就看的那个自己试的
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8楼2017-03-16 15:03:50
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冯亚娟

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by goodllian at 2017-03-16 15:03:50
百度上很多，我就看的那个自己试的...

谢谢，已找到~
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9楼2017-03-16 15:15:49
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势在必行

新虫 (初入文坛)
你好，问个基础的问题，CASTEP没频率分析，优化出的构型如何确定无虚频，以及过渡态结构无虚频？多谢！
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10楼2017-04-24 11:39:55
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