| 查看: 775 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
zdhlover荣誉版主 (职业作家)
小木虫之莲花佛
|
[交流]
为活跃和加强交流，特开设Siesta&ATK个人经验总结以及使用技巧心得专贴！
|
||
| 为了活跃Siesta&ATK版面，特开设Siesta&ATK个人经验总结以及使用技巧心得专贴，让使用Siesta&ATK 的各位虫子在该贴发表自己使用Siesta&ATK 的个人经验、如何建模、软件参数设置、如何输入输出及处理数据等的个人技巧和心得专贴，同时本帖参与此次【迎圣诞、新年】第一性原理版嘉奖活动！活动期间所发回帖参与本次活动的新主题贴奖励，欢迎各位使用Siesta&ATK的虫子发表上述内容以及遇到问题后自己如何解决该问题的。问题贴和讨论帖请另行发布，本帖为Siesta&ATK个人经验总结以及使用技巧心得专贴！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
退学或坚持读
已经有28人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有7人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有3人回复
-
面上项目申报
已经有3人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有5人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
zdhlover
荣誉版主 (职业作家)
小木虫之莲花佛
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 6.748
- 金币: 19449.4
- 散金: 429
- 红花: 7
- 帖子: 3105
- 在线: 119.6小时
- 虫号: 409529
- 注册: 2007-06-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 计算模拟区务
★ ★ ★
wuli8(金币+3,VIP+0):祝您节日快乐！
wuli8(金币+3,VIP+0):祝您节日快乐！
|
Atomistix ToolKit(ATK) 2.1的输入文件与以前版本完全不同，由于它改用了新的编程方式，在内核的C++库代码基础上，采用python写了很多函数接口。现在ATK2.1版本它内嵌了python编译器，它的输入文件完全按照python语言编程的风格来写，但是只能调用ATK2.1内部的函数、类和对象等，以及ATK2.1 内嵌了python的一些库文件（比如numarray, Numeric, numpy)。用户可以在ATK2.1的基础自己编写自己的特定的功能（好像并不是这样，大多数只是做数据处理的工作，和优化原来要由shell脚本来完成一些的工作，现在可以用python脚本方便地处理）。这样在准备ATK2.1的输入文件时，就要费点神了。 在使用ATK2.1之间要先看看Python语言的的书，学一些基本Python编程的知识是必须。理解什么是List（列表），Dictionary （字典）， Class（类）， Function（函数）， Object(对象)等概念。 ATK2.1的输入文件是.py为扩展名的输入文件。运行时的命令就是atk *.py，输出文件要根据自己想要什么数据，自己在输入文件中做定义（编程）。（当然，计算结果可以直接输出成Virtual NanoLab的文件格式.vnl或NetCDF文件格式.nc。这两个文件可以直接导入Virtual NanoLab进行可视化所计算的物理量。，要输出其他格式的计算结果需要自己在脚本文件中编程） [ Last edited by zdhlover on 2008-12-25 at 15:42 ] |
2楼2008-12-25 15:39:25
fan0221
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2782.3
- 散金: 3677
- 红花: 11
- 帖子: 978
- 在线: 183.6小时
- 虫号: 273320
- 注册: 2006-08-19
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2008-12-26 16:51:24
zdhlover
荣誉版主 (职业作家)
小木虫之莲花佛
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 6.748
- 金币: 19449.4
- 散金: 429
- 红花: 7
- 帖子: 3105
- 在线: 119.6小时
- 虫号: 409529
- 注册: 2007-06-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 计算模拟区务
★ ★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+6,VIP+0):谢谢交流，新年快乐！
wuchenwf(金币+6,VIP+0):谢谢交流，新年快乐！
|
本文由sunray55 发表，应其要求发到这里，多谢他提供心得，欢迎再来！！ 还是收敛问题 一点心得，2008以后版本换了方法，尤其电极和中心区一起计算了。 系统大点经常不收敛，常用办法见《ATK使用技巧》一文。 但是具我个人使用心得，其实最好的办法是收敛换成低版本算(低版本电极中心区分开计算）。 因为license是通用的，所以高版本和低版本可以装在同一台机器上， 在bin里把高版本路径设为atk路径，只要打atk就是调用高版本， 如果需要低版本就打绝对路径。 注意高低版本输入输出文件不太一样，但是低版本的.NC文件可以用新版本读作为输入，再计算传输部分。 如果大家碰到不收敛问题，atk使用技巧里的9个方法都试了，还不行，不妨试试我说的这个方法。 good luck |
4楼2008-12-30 15:20:54
5楼2009-04-04 17:08:43
6楼2009-04-20 16:26:41