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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有提土壤DNA的好方法吗？
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annwt

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by house at 2008-12-27 17:37:
土壤DNA提取关键是污染物的去除，一般需要的是PVPP或是PVP（聚乙烯聚吡咯烷酮）。

  周的方法只是一般的提取DNA的方法，用于土壤DNA的话成功率不高。

PVP K30 可以吗？
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11楼2008-12-28 09:16:14
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house

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 微笑漩涡 at 2008-12-28 00:23:



我用还没有失败过呢，不过提取出来的DNA呈褐色甚至深褐色，要酶切或者PCR的话要纯化。

提出来的DNA是拿来用的，我这里指的失败就是说提出来的DNA不能用。

你加入了另外的纯化步骤，那是另一回事。但是需要说明给别人呀！不然别人照你的方法不就抓虾了。
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12楼2008-12-28 13:31:28
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house

银虫 (正式写手)
土壤DNA由于含有腐殖酸，这个东西抑制分子生物学反应，而且会造成DNA降解。所以土壤DNA的提取一定要把腐殖酸去除才能进行后面的操作。

腐殖酸的去除有很多方法，复杂的有使用层析柱的、简单的有使用羟基磷灰石的、也有使用PVPP或PVP直接吸附腐殖酸。

这些要根据你的实验目的的不同选择方法。

如果只是作PCR 16S基因作生态学分析，那么在提取缓冲液中简单的加入PVPP吸附腐殖酸就可以了。PVP的效果不如PVPP（PVPP不可溶）
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13楼2008-12-28 13:36:38
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annwt

木虫 (正式写手)
细菌的细胞壁真是那吗难击破吗？
植物细胞就用研磨就可以，

有人用过超声波破碎的吗？
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14楼2008-12-29 20:46:59
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zhyyk10

金虫 (小有名气)
那是因为量太少，上样电泳EB染色亮度不够所以看不到条带
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相信自己！
15楼2009-01-01 19:57:54
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gogo926

银虫 (小有名气)
看周的方法
文章：Extraction of DNA from soil。European Journal of Soil Biology 39 (2003) 183–190
我试过，对土壤的效果还不错
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16楼2009-01-07 21:48:18
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)
QBIOGENE的bio101试剂盒专门针对土壤DNA提取的。现在应该算是MP公司下属的产品Fastprep？可能拼错了，呵呵
土壤DNA提取主要是腐植酸的干扰较大，有时候就算你提取到DNA也很难成功PCR扩增。目前我们实验室主要还是用qbiogene的试剂盒，不过只用他们一个纯化的试剂bindmatrix，效果很不错
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17楼2009-01-07 22:25:24
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