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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 系统进化树
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Val23

银虫 (小有名气)

[求助] 系统进化树

请问一下，为什么在blast里面，初步确认我的菌是瑞士乳杆菌，可是相关序列下载下来后，系统进化树根本看不出来这个菌是瑞氏乳杆菌？下载序列的时候，有什么要求吗？我下载了短乳杆菌、大肠杆菌、植物乳杆菌还有瑞氏乳杆菌这几株菌的序列，可是，系统进化树竟然显示我的菌跟大肠杆菌很相似，这是什么情况？
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1楼 2017-03-10 19:58:35
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仙女520

新虫 (初入文坛)
你下的是全基因组还是16S？

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2楼2017-03-10 20:31:14
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Val23

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 仙女520 at 2017-03-10 20:31:14
你下的是全基因组还是16S？

16s
3楼2017-03-10 20:47:16
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仙女520

新虫 (初入文坛)
不是先blast再选几个相似度高的，作图的时候找隔壁属的，你得看看自己的序列是不是反了，当时我也是醉了

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4楼2017-03-10 21:15:43
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仙女520

新虫 (初入文坛)
当时我也是3端开始的

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5楼2017-03-10 21:16:00
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Val23

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 仙女520 at 2017-03-10 21:15:43
不是先blast再选几个相似度高的，作图的时候找隔壁属的，你得看看自己的序列是不是反了，当时我也是醉了

隔壁属的怎么找？序列反了？我是直接用的测序公司给拼接好的序列
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6楼2017-03-11 09:44:08
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Val23

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 仙女520 at 2017-03-10 21:16:00
当时我也是3端开始的

好吧，我问下测序公司
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7楼2017-03-11 09:44:49
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仙女520

新虫 (初入文坛)
有一个鉴定手册，你最好看看公司发给你的序列方向

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8楼2017-03-11 13:05:52
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Val23

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 仙女520 at 2017-03-11 13:05:52
有一个鉴定手册，你最好看看公司发给你的序列方向

你说的对，我让测序公司再给我看了下序列，重新弄了，系统进化树对了，谢谢！我想问下，你说的那个鉴定手册的全名是什么？
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9楼2017-03-11 18:33:55
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仙女520

新虫 (初入文坛)
额，应该是微生物鉴定手册吧，大二的时候做过，忘了

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10楼2017-03-11 20:56:29
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