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请教金属与有机物的吸附分子模拟 已有3人参与
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我想做一些金属与有机物的吸附情况的模拟，关于这方面的资料很少。图1、2、3、4、5是一篇博士论文的计算简介，想根据他那样进行一些简单计算. 1.但是建立好铜晶体，分子，水之后，通过分子力场的方法进行结构和能量优化，这是通过哪个模块的那个Task进行的？图3是论文优化的物质。找了一些资料，分子力场的方法是不是用分子力学模块做的？图6中的参数要不要进行修改？图7中的summation method应该怎么选择？这几天找了一些资料，分子力场应该是用discover或者forcite模块做的，discover应该只能做能量优化部分，因此只能用forcite模块做，这个推测正确吗？ 2.图2中说通过Dmol3模块进行量子计算，那到底是怎样计算的？以前上选修课的时候有说过先通过Dmol3的geometry进行优化，再在优化好的xsd进行能量优化，是不是这样的？ 3.对晶格切割后进行能量最小化是通过哪个模块进行的？能量优化的时候还要进行哪些性质计算？ 4.图3中的电场在forcite模块有吗？是不是只有dmol3和castep里有，那这样分子动力学也应该在dmol3和castep的dynamics进行，但是量子力学模块里没有分子力场吧？感觉很矛盾 5.我想做出图5中的盒子，用AC模块的cell style是不是选择confined layer？ 问题有点多了，很多东西都不懂，谢谢各位了。  图1.png  图2.png  图3.png  图4.png  图5.png  图6.png  图7.png |
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 MS计算模拟 |
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【答案】应助回帖
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首先，用MS模拟金属与有机物吸附的论文有非常多，你说很少，只是你没找到。你找了一篇博士论文，文中的建模、参数设置的思想可以参考，但并不意味着照搬，比如加电场的问题，你是否需要。 问题1:“但是建立好铜晶体，分子，水之后，通过分子力场的方法进行结构和能量优化，这是通过哪个模块的那个Task进行的？图3是论文优化的物质。找了一些资料，分子力场的方法是不是用分子力学模块做的？图6中的参数要不要进行修改？图7中的summation method应该怎么选择？这几天找了一些资料，分子力场应该是用discover或者forcite模块做的，discover应该只能做能量优化部分，因此只能用forcite模块做，这个推测正确吗？” 回复：最常用的实现“分子力场的方法”的模块就是Discover和Forcite，在Task中，前者选择“最小化”、后者选择“几何优化”即可。 分子力场的方法肯定是用分子力学模块做的，不可能用基于量子力学的Dmol3或者CASTEP来做。 图6、图7的参数设置问题，你的体系是什么，别人都不知道，如何告诉你如何设置是合理的呢？ 尤其是图6中的各个参数，是参数设置的核心，涉及力场的选用、电荷的分配、静电力和范德华力的计算方法及其截断半径设置，这些都是基础知识，也是参数设置的核心中的核心，这些参数设置是几何优化、动力学计算的基础，基础打不好，随后的计算结果无法保证。 你应该先去了解这些参数的意义，而不是上来就问怎么设置合理。 summation method这一块，静电力通用的选法使用Ewald。 此外，你觉得“discover应该只能做能量优化部分，因此只能用forcite模块做”，这是不正确的。计算能量、作几何优化、跑分子动力学，可以说discover模块和forcite模块在功能上完全一样，可以互相替代，但这仅仅是在功能上，但discover模块存在诸如计算效率低下的问题，加之forcite模块在功能上可以完全替代之，所以在MS 8.0之后已经没有discover这个模块了，只有一些年代久远的教程或者论文才用discover模块。discover模块淘汰、forcite模块成为主流是大势所趋。 最后，“能量优化”不是一个主流的说法，容易导致混淆，正确说法应该是“几何优化”或者“能量最小化”，针对的目标都是某个具体的体系、模型或者系统。 问题2“图2中说通过Dmol3模块进行量子计算，那到底是怎样计算的？以前上选修课的时候有说过先通过Dmol3的geometry进行优化，再在优化好的xsd进行能量优化，是不是这样的？” 回复：图2中所说的计算步骤，其思路其实很清晰，分子力学计算速度快、但精度低，量子力学精度高、但计算速度慢，所以先以分子力学的模块（诸如Forcite）对添加剂分子作几何优化，然后再用量子力学的模块（诸如Dmol3）对添加剂分子作进一步的几何优化，在达到同等的精度的前提下，常能节约很多时间。 至于你说的“过先通过Dmol3的geometry进行优化，再在优化好的xsd进行能量优化”，是你混淆了“优化”、“能量优化”的说法，你说的“优化”实际上是“几何优化”的简称，而“几何优化”、“能量最小化”说的是同一件事情，做完几何优化了，就不需要再做。 问题3：“对晶格切割后进行能量最小化是通过哪个模块进行的？能量优化的时候还要进行哪些性质计算？” 回复：正确的说法应该是晶胞切割，而不是晶格，晶胞切割后会得到晶面，对晶面做几何优化，量子力学模块、分子力学模块都是可以做的，得看晶面到底有多少个原子（而这又跟切割时的操作（这是基础知识，需要你自己学习，就不作展开）有关，原子太多的晶面，量子力学模块计算起来就会非常吃力，对计算机的内存要求也很高，比如用CASTEP模块，晶面切得厚、真空层加得也厚，32G的内存都可能不够用，就无法计算）、得到晶面后接着做什么计算、有什么模块有关。 几何优化之后要计算的性质，是由你的研究目的来定。 问题4：“图3中的电场在forcite模块有吗？是不是只有dmol3和castep里有，那这样分子动力学也应该在dmol3和castep的dynamics进行，但是量子力学模块里没有分子力场吧？感觉很矛盾” 回复：据我所知，forcite模块自带的界面上，是没有加电场选项。CASTEP模块中有的。量子力学模块是基于量子力学理论，自然没有分子力学中的力场，但也可以作动力学（dynamics）计算，但这种动力学计算与分子动力学（Molecular Dynamics）是不同的。 问题5：“5.我想做出图5中的盒子，用AC模块的cell style是不是选择confined layer？” 回复：一般选择Periodic cell即可，confined layer跟前者的区别，你完全可以把两种情况都做出来，比较一下就明白了。 最后的最后，你的问题都是非常基础的，如果你以后长时间（一年及以上）要用MS来做分子模拟，你应该花两个月系统地学习分子模拟的基础知识。 |
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小刚仔bb
2楼2017-03-09 12:33:04
3楼2017-03-09 13:07:31
4楼2017-03-09 15:15:14
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老师你好，我想问一个题外问题：氧化铝的表面吸附需要给载体赋电荷吗？因为文献没有看到提到电荷赋值的，但有用Miliiken电荷作分析的。还有优化结构前赋电荷还是优化后呢？谢谢你您了 发自小木虫IOS客户端 |
5楼2017-03-10 09:19:33
6楼2017-03-24 16:54:36
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月只蓝
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