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汕头大学海洋科学接受调剂
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps模拟液态水,压力不合理,并且控压控不住,何解? 已有2人参与

input script:
units                 real
dimension          3
boundary         p p p
atom_style          full

pair_style          lj/charmm/coul/charmm 8.0 10.0 7.0 9.0
bond_style          harmonic
angle_style          harmonic
special_bonds          charmm
read_data         data.droplet
minimize         1.0e-4 1.0e-6 100 1000
reset_timestep   0

fix                  1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix                  2 all npt temp 298.0 298.0 100 iso 1.0 1.0 1000

velocity          all create 298.0 123456 dist gaussian mom yes
run                 0
velocity          all scale 298.0

timestep         1
thermo_style          custom step temp press density vol
thermo                  1                 
run                  20

log file:
Step Temp Press Density Volume
       0          298    2088.1099    1.0008098       343000
       1    198.57626    901.42394    1.0007329    343026.35
       2    195.61277    941.93247    1.0005897    343075.45
       3    190.87646    989.45826    1.0003772    343148.32
       4    184.67353    1052.2417    1.0000921    343246.15
       5     177.3926     1122.761   0.99973009    343370.44
       6    169.47103    1193.7707   0.99928675    343522.78
       7    161.35931    1257.8854   0.99875821    343704.56
       8    153.48719    1308.4637   0.99814209    343916.72
       9    146.23467    1340.0094   0.99743833    344159.38
      10    139.90957    1348.6115   0.99665001     344431.6
      11    134.73268    1332.1385   0.99578397    344731.15
      12    130.83089    1290.3488   0.99485107    345054.42
      13    128.23776    1224.6234   0.99386601    345396.41
      14    126.90087    1137.6957   0.99284661    345751.05
      15    126.69476    1033.1263   0.99181251    346111.54
      16    127.43816    914.95392   0.99078362    346470.96
      17    128.91405    787.43923   0.98977849    346822.81
      18    130.89062    654.85029   0.98881288    347161.49
      19    133.14164      521.246   0.98789889    347482.68
      20    135.46434    390.28164   0.98704467     347783.4

在step 0处,温度,密度都很合理,但是压力却与实际严重不符(实际应为1atm,这里却为2000多atm),这里就不对,进一步控压感觉也没有意义了。而且之后的控压也是处于波动中,各位怎么看?
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你先用NVT做一段时间的平衡之后再用NPT试试
2楼2017-03-07 08:16:07
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sweet1994

新虫 (初入文坛)

想问下楼主你的建模是用ms做的吗?如果用ms建模,是只要建水分子呢还是要建amorphous cell?

发自小木虫Android客户端
3楼2017-04-03 21:58:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

你对压强和系综的理解不到位。压强的涨落是可以很大的,远远不止一个大气压。你的结果看上去没有问题、是合理的。如果需要让压强控制的快一些,
可将

fix                  2 all npt temp 298.0 298.0 100 iso 1.0 1.0 1000

中的最后一个数1000改成100试试。不管如何,压强涨落一般是几百到几千大气压。系统越小,涨落越大。对你来说,有意义的是平均值,而不是某一个瞬时值。

做MD模拟,一定要从统计的角度分析理解问题。离开统计,一切毫无意义。
4楼2017-04-06 01:26:44
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