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xq0627

新虫 (小有名气)

[求助] 求助如何下载样本比配的miRNA和lncRNA的表达谱数据 已有1人参与

请问哪位大神知道如何获取到样本比配的miRNA和lncRNA的表达谱数据,目前只知道TCGA可下mRNA/miRNA样本比配数据,紧急求助,谢谢
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新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xq0627: 金币+1 2017-03-06 15:04:16
是这样,TCGA是肿瘤方向的高通量数据库,包括各类数据,例如表达谱、SNP、甲基化、CNV等,一般初学者我们建议在线查看一下,自己下载分析会比较困难(因为它的数据有芯片有测序,有时这些数据初始解析标准也不一样,往往下载的数据没有可比性)。建议你可以去GEO数据库,GEO数据库除了肿瘤数据外,还涉及其他很多研究方向。可以在GEO数据库(最大的高通量数据库共享平台)中查找自己相关的表达谱数据,比如Affymetrix芯片数据,下载后Affymetrix有官方的软件可以解析分析,非常方便,非常适合初学者。
石上桃花
2楼2017-03-06 11:05:04
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