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如何从概率密度分布，通过玻尔兹曼关系转换成自由能呢
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大家好！ 我用amber力场跑一种蛋白质的md，现在已经有轨迹文件了，我想计算其中一个二面角扭转的自由能变化，得到的结果图横坐标是二面角的角度，纵坐标是自由能的变化，表现出自由能随二面角角度的变化的变化。因为是新手，还不是很懂，请问大家这个要怎么计算呢，有没有比较详细一些的教程呢。我之前请教了别人，他告诉我可以计算二面角的概率密度分布，然后通过玻尔兹曼关系转换成自由能，但是我还是不清楚要怎么计算，如果有清楚的高手能麻烦更详细的解释一下吗? 谢谢大家！ |
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