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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vdW-DF修正
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by valenhou001 at 2017-02-27 18:02:13
取决于所研究的问题，如果是小分子或BN或石墨烯等的吸附问题，一般都需要考虑vdw修正。
你可以搜搜文献与你要研究的相关体系。...

侯老师好，最近又能从您的回帖中学到东西了，感谢您！

我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？（稳定吸附位置、能量、力、键长、能带、态密度?）
另外就是，如果算有vdw的能带，是在几何结构优化、自洽计算、能带计算中都要在INCAR中加上vdw相关的参数么？

非常感谢您！
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计算顺利点吧
11楼2017-02-28 10:14:14
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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10楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-02-28 10:47:30
侯老师，请问下VASP中（optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW）的修正与IVDW设置参数所做的修正有什么区别？另外optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW修正计算时我将参数加入后，在OUTCAR中搜索vdw没有任何 ...

vdW-DF修正的设置与IVDW无关。

首先你要明白有两大类的范德华斯作用修正，1）基于半经验的，包括了D2, D3, D3-BJ, TS, TS+SCS等等，这些都是在常用的交换关联泛函比如PBE的基础上，考虑色散力的作用，在PBE计算出来的总能基础上增加了额外半经验项，这一项需要设置一些参数，至于是哪种半经验公式，由IVDW的设置来决定，具体的参考VASP的手册。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... ection_methods.html

2）另一类就是vdW-DF，也就是修改交换关联项来考虑范德华修正。包括你所提到的optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW等。
它们的设置由修改GGA赋值，以及额外相关的一些参数来设置。 这些在vasp手册上有明确的说明。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html
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12楼2017-02-28 12:23:18
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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11楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-02-28 11:14:14
侯老师好，最近又能从您的回帖中学到东西了，感谢您！

我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？（稳定吸附位置、能量、力、键长、能带、 ...

"我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？"
需要。对吸附能，吸附位置、键长都会有影响。
对能带和态密度的影响不大。


"算有vdw的能带，是在几何结构优化、自洽计算、能带计算中都要在INCAR中加上vdw相关的参数么"
在各个计算步骤都需要加入相关的参数。
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zhangfrank
13楼2017-02-28 12:51:35
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
送红花一朵
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13楼: Originally posted by valenhou001 at 2017-02-28 12:51:35
"我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？"
需要。对吸附能，吸附位置、键长都会有影响。
对能带和态密度的影响不大。


& ...

非常感谢侯老师！！
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计算顺利点吧
14楼2017-02-28 13:00:37
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是否1924

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2017-02-28 08:41:41
先看你的INCAR文件里的设置。

在OUTCAR的开头部分：
   20 |      You have switched on vdW-DFT.                                          |
   21 |      This routine was written and supplied by Jiri ...

侯老师，您好！计算时又碰到问题：
OUT CAR一直出现：
RMM:  19    -0.351508287383E+03   -0.56565E+00   -0.10072E+00   958   0.270E+00    0.111E+01
Total vdW correction in eV:    36.4715719573048     
RMM:  20    -0.351434760833E+03    0.73527E-01   -0.22196E-01   949   0.182E+00    0.122E+01
Total vdW correction in eV:    36.4718866813447     
RMM:  21    -0.351426106374E+03    0.86545E-02   -0.11650E-01   967   0.943E-01    0.131E+01
Total vdW correction in eV:    36.4714273156016     
WARNING in EDDRMM: call to ZHEGV failed, returncode =   6  3 43
RMM:  22    -0.351433088212E+03   -0.69818E-02   -0.35491E-02   964   0.579E-01    0.133E+01
Total vdW correction in eV:    36.4720165899899     
RMM:  23    -0.351342758061E+03    0.90330E-01   -0.27993E-02   971   0.572E-01    0.122E+01
Total vdW correction in eV:    36.4725697354702     
WARNING in EDDRMM: call to ZHEGV failed, returncode =   6  3 36

这个warning：WARNING in EDDRMM: call to ZHEGV failed, returncode =   6  3 36。我搜了下，论坛上也有很多具体的修改方案，http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... p?f=3&t=214 。小木虫上也有虫友说对结果影响不大（对比修改ALGO = Normal 后）http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=9425216&fpage=1&target=blank 。我现在纠结的是vasp还在跑，是否停下修改，说实话不太愿意，因为不想白费之前的时间。现在想请教老师，这个Warning 一是是否真的对结果影响不大；二对优化分子结构的收敛（怕收敛不了）。下面附上INCA R，麻烦老师指点！谢谢！！！

SYSTEM = CoPc_relax

NCORE = 4
ISTART = 0
ICHARG = 2
ENCUT  = 550
PREC = Normal
LREAL = Auto
ALGO = Fast
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.05
ISPIN= 2
  
ISIF = 2
EDIFF = 1E-5
NELM = 60
EDIFFG = -1E-2
POTIM =
NSW = 200
IBRION = 2

#vdW-DF2
GGA = ML
LUSE_VDW = .TRUE.
Zab_vdW = -1.8867
AGGAC = 0.0000

LCHARG = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
LORBIT = 11
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15楼2017-03-01 13:13:03
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nancy_wjj


发自小木虫IOS客户端
16楼2017-03-01 13:17:43
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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引用回帖:
15楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-03-01 14:13:03
侯老师，您好！计算时又碰到问题：
OUT CAR一直出现：
RMM:  19    -0.351508287383E+03   -0.56565E+00   -0.10072E+00   958   0.270E+00    0.111E+01
Total vdW correction in eV:    36.4715719573048    ...

等计算完了，再改用ALGO = Normal 计算就可以了。
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17楼2017-03-01 13:29:56
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是否1924

金虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by valenhou001 at 2017-03-01 13:29:56
等计算完了，再改用ALGO = Normal 计算就可以了。...

重算时用CONTCAR？
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18楼2017-03-01 13:50:19
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-03-01 14:50:19
重算时用CONTCAR？...

当然了。
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是否1924
19楼2017-03-01 14:23:30
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冯亚娟

金虫 (正式写手)
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9楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-02-28 09:43:50
谢谢指点！！！...

请教一下，我在INCAR中添加了vdW-DF的修正参数，同时在计算目录下面也放置了vdw_kernel.bindat，但是在OUTCAR中却没有查看到任何关于vdW的信息，能帮助指导下吗？
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20楼2017-03-01 14:36:35
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