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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 自编vtstcode编译和CINEB计算教程
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)

[资源] 自编vtstcode编译和CINEB计算教程

自编vtstcode编译和CINEB计算教程正式完成，其中CINEB计算中已将上次的*.xyz文件动画制作包含在内，以供算友们分享。不完善之处还望指正，谢谢！
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  • 附件 1 : CINEB计算方法介绍.pdf
    • 2017-02-23 13:30:02, 1.89 M
  • 附件 2 : VTST编译方法.pdf
    • 2017-02-23 13:30:02, 192.74 K

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Wangjk11

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1楼 2017-02-23 13:37:04
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obaica

禁言 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2017-02-23 17:52:35
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

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4楼2017-02-23 18:17:52
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chally123

铁虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

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8楼2017-02-24 11:35:35
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ak81

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

哈哈
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17楼2017-03-07 12:20:20
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
关于gif动画图的制作也可以使用MS和Vedio Mach软件制作，效果完爆VMD

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ra2ghgzh ra2ghgzh
22楼2017-04-01 18:40:43
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-04-01 18:40:43
关于gif动画图的制作也可以使用MS和Vedio Mach软件制作，效果完爆VMD

我按你的方法编译，然后重做你的例子，计算跑完200次迭代就结束了，结果发现01文件夹下得到的CONTCAR和POSCAR完全一样，只是下面多了一堆NaN，OUTCAR里也搜不到ICHAIN等关键词。
这是不是说明我的vtst根本就没有成功安装？
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26楼2017-05-18 19:14:01
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-04-01 18:40:43
关于gif动画图的制作也可以使用MS和Vedio Mach软件制作，效果完爆VMD

和vtst官网上的安装方法相比，你的编译方法多了（3）（4）（5）这三步，这个没问题吧？
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27楼2017-05-18 19:30:31
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
27楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-18 19:30:31
和vtst官网上的安装方法相比，你的编译方法多了（3）（4）（5）这三步，这个没问题吧？...

我编译后计算过，没问题!

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29楼2017-05-21 12:00:37
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-05-21 12:00:37
我编译后计算过，没问题!
...

“CINEB计算方法介绍.pdf”第十页，也就是附录一.4. CINEB 计算，里面的INCAR中 POTIM=0，这个没问题吗？
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30楼2017-05-22 16:40:05
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
30楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-22 16:40:05
“CINEB计算方法介绍.pdf”第十页，也就是附录一.4. CINEB 计算，里面的INCAR中 POTIM=0，这个没问题吗？...

这个参数可能是做教程时弄错了，不为0。

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31楼2017-05-22 17:26:29
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
26楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-18 19:14:01
我按你的方法编译，然后重做你的例子，计算跑完200次迭代就结束了，结果发现01文件夹下得到的CONTCAR和POSCAR完全一样，只是下面多了一堆NaN，OUTCAR里也搜不到ICHAIN等关键词。
这是不是说明我的vtst根本就 ...

有可能是的。但如果01,02,…,0N文件夹中都生成了OUTCAR文件，说明编译应该没问题。教程里NEB计算的INCAR文件中POTIM有误，应该不为0，看有没有设置错误。

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ra2ghgzh
32楼2017-05-23 00:12:37
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
32楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-05-23 00:12:37
有可能是的。但如果01,02,…,0N文件夹中都生成了OUTCAR文件，说明编译应该没问题。教程里NEB计算的INCAR文件中POTIM有误，应该不为0，看有没有设置错误。
...

我把POTIM设成0.5又算了一次，这次的INCAR是：
SYSTEM = Pt O
ENCUT = 400
PREC = Normal
ISTART = 0
ICHARG = 2
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.05
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.10
NELM=60
NSW = 200
ISIF = 2
LCHARG = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
LREAL = Auto
IBRION = 3
POTIM = 0.5
IOPT = 1
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.
SPRING = -5
IMAGES = 1
NPAR = 4
你看这样没问题吧。
然后还是算了200次，01文件夹得到了一个结果，其中的CONTCAR基本就是00的POSCAR，说明过渡态优化到fcc上了。
另外，运行 nebresults.pl 的结果是：

Unziping the OUTCARs ... done
Do nebbarrier.pl ; nebspline.pl
sh: gnuplot: command not found
Do nebef.pl
Do nebmovie.pl
Do nebjmovie.pl
Do nebconverge.pl
mv: cannot stat `vaspout1.eps': No such file or directory
Zipping the OUTCARs again ... done

Forces and Energy:
   0         0.000000      -146.450864         0.000000
   1         0.000000      -146.382045         0.068819
   2         0.000000      -146.029768         0.421096

Extremum 1 found at image  0.007470 with energy: -0.000012
Extremum 2 found at image  1.000000 with energy:  0.068819

没有Extremum 3，这是不是说明hcp没优化好不是极值点？但是明明显示02的Force是0.000000了？
还有sh: gnuplot: command not found是不是说明有个程序没装好？
麻烦帮忙看一下，谢谢。
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34楼2017-05-27 09:42:23
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
34楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-27 09:42:23
我把POTIM设成0.5又算了一次，这次的INCAR是：
SYSTEM = Pt O
ENCUT = 400
PREC = Normal
ISTART = 0
ICHARG = 2
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.05
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.10
NELM=60
NSW = 200
ISIF = 2
...

你先将spline.dat导入origin软件作能垒图(教程有介绍)，看一下曲线趋势对比数据就能看出是否合理了。那个gunplot.sh应该是没安装吧，但不影响得出结果文件spline.pl，建议你还是用单个命令(nebbarrier.pl和nebspline.pl等)生成结果文件。

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36楼2017-05-27 10:14:19
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
34楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-27 09:42:23
我把POTIM设成0.5又算了一次，这次的INCAR是：
SYSTEM = Pt O
ENCUT = 400
PREC = Normal
ISTART = 0
ICHARG = 2
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.05
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.10
NELM=60
NSW = 200
ISIF = 2
...

程序只找出了两个极值点，-0.000012eV的那个极值点00优化的结构能量差别那么小，接近0eV，结构差别可以忽略！

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37楼2017-05-27 10:21:32
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
36楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-05-27 10:14:19
你先将spline.dat导入origin软件作能垒图(教程有介绍)，看一下曲线趋势对比数据就能看出是否合理了。那个gunplot.sh应该是没安装吧，但不影响得出结果文件spline.pl，建议你还是用单个命令(nebbarrier.pl和nebspli ...

用origin看过了，不合理。是不是应该加大spring？
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38楼2017-05-27 11:00:33
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
37楼: Originally posted by lyt幻想泡沫 at 2017-05-27 10:21:32
程序只找出了两个极值点，-0.000012eV的那个极值点00优化的结构能量差别那么小，接近0eV，结构差别可以忽略！
...

搞定了，把spring加到-10就得到了真正的过渡态。
谢谢您的教程，功德无量啊。
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39楼2017-05-27 16:03:09
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lyt幻想泡沫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
39楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-05-27 16:03:09
搞定了，把spring加到-10就得到了真正的过渡态。
谢谢您的教程，功德无量啊。...

共同进步!

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40楼2017-05-29 10:13:12
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张家菜菜子

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

лл~
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42楼2017-08-30 16:39:22
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doudouyu198

铁杆木虫 (正式写手)
nebresults.pl

Unziping the OUTCARs ... done
Do nebbarrier.pl ; nebspline.pl
sh: gnuplot: command not found
Do nebef.pl
Do nebmovie.pl
Do nebjmovie.pl
Do nebconverge.pl
mv: cannot stat `vaspout1.eps': No such file or directory
Zipping the OUTCARs again ... done

这个错误是什么原因造成的mv: cannot stat `vaspout1.eps': No such file or directory
再有就是结果里面没有mep.eps这个文件
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50楼2018-01-29 12:00:22
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漫天飘雪2楼
2017-02-23 17:07   回复  
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mink6楼
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ZZZ???7楼
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chally1239楼
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